Yra keletas būdų, kaip atsikratyti Trojos viruso iš užkrėstos kompiuterinės sistemos, ir bet koks vartotojo delsimas kelia pavojų jo asmeninei informacijai. Bene tiesiausias kelias paprastam žmogui būtų įdiegti visapusišką antivirusinę programą, galinčią automatiškai pašalinti Trojos arklys, tačiau pasitaikys ir atvejų, kai neatpažįstama grėsmė nebus atpažįstama ir ją teks pašalinti rankiniu būdu. Kartais tai gali būti taip paprasta, kaip sugadintos programos pašalinimas iš užkrėstos sistemos naudojant valdymo skydelį, tačiau kitais atvejais gali prireikti iš tikrųjų ieškoti Trojos viruso ir priverstinai jį pašalinti iš ten, kur jis buvo įdiegtas.
Veiksmingiausias būdas atsikratyti Trojos viruso yra turėti programinę įrangą, kuri gali jį pastebėti realiu laiku, ty vos tik atsisiuntus, ir antivirusinę programą, kuri jį sustabdo ir pašalina. Daugelis antivirusinių skaitytuvų, įskaitant nemokamas versijas, siūlo apsaugą realiuoju laiku, tačiau ji turi būti suaktyvinta; jei programos piktograma nerodoma apatiniame dešiniajame kampe, vadinasi, ji šiuo metu neveikia. Jei įtariate Trojos arklys ar bet kokios rūšies kenkėjiška programa, atlikite visą užkrėsto kompiuterio nuskaitymą ir karantine arba ištrinkite visus rastus failus. Žinoma, antivirusinė programa yra praktiškai bevertė, jei ji nelieka iki galo atnaujinta, todėl būtinai įjunkite automatinius atnaujinimus ir dažnai apsilankykite gamintojo svetainėje, kad patikrintumėte, ar nėra naujesnių versijų.
Jei antivirusinei programai nepavyks atsikratyti Trojos viruso, ji turės būti automatiškai išjungta. Bet kurioje „Windows®“ sistemoje, senesnėje nei „Windows 7®“, pasirinkite „Start“, tada „Run“ ir lauko laukelyje įveskite „msconfig“. Tada spustelėkite paleisties skirtuką ir naršykite sąraše esančius įrašus, ieškodami bet kokio vardo ar kelio, kuris nepriklauso svarbiai programai. Užsirašykite kiekvieną įtariamą įrašą ir atlikite paiešką internete, kad nustatytumėte, kas iš jų yra, ir išjunkite tuos, kurie kelia abejonių. „Windows 7®“ sistemose tą pačią paslaugą galima pasiekti valdymo skydelyje, esančiame skirtuke „Programos“.
Kai nustatomos visos įtartinos programos, kurios įkeliamos paleidžiant, užsirašykite failo „vietovę“ ir rankiniu būdu suraskite bei ištrinkite jį iš sistemos. Alternatyvus būdas atsikratyti Trojos viruso būtų atlikti papildomą paiešką internete, kurios tekste būtų nurodytas failo pavadinimas ir „pašalinimas“; Tikėtina, kad kiti susidūrė su ta pačia problema, todėl nuoseklios instrukcijos gali būti pateiktos forume arba antivirusinėje svetainėje. Paskutinis būdas atsikratyti Trojos viruso būtų atsisiųsti ir įdiegti visiškai atskirą antivirusinę programą, nes net geriausios jos nepagauna 100% Trojos virusų, tačiau šis metodas reikalauja, kad dabartinė antivirusinė programa būtų pirmiausia pašalintas.
Kitas geras pasirinkimas būtų įdiegti operacinės sistemos atkūrimo parinktį, bet kadangi visi duomenys, sukurti po šio atkūrimo taško, bus prarasti, tai nerekomenduojama, nebent tai yra absoliučiai būtina. Kai visa kita nepavyksta, sistemą taip pat galima suformatuoti švariai įdiegus operacinę sistemą. Tai atkuria kompiuterio gamyklinę būseną.