Klausimas, ar smegenų dydis turi įtakos intelektui, yra labai diskutuojamas moksle, ir šiuo klausimu nėra jokio tikrumo. Yra įrodymų, kad smegenų dydis gali turėti įtakos, tačiau taip pat yra įrodymų, kad tai nėra svarbiausias veiksnys. Kai kurių ekspertų nuomone, smegenų dydis kai kurioms intelekto rūšims yra svarbesnis nei kitiems. Gyvūnų karalystėje atliekami tyrimai, kurie taip pat parodė didelius prieštaravimus dėl skirtingų rūšių smegenų dydžio ir intelekto, ir dėl to mokslininkai apskritai tapo labiau neapibrėžti šiuo klausimu.
Gyvūnai, dėl kurių mokslininkai labiausiai netikėjo, yra paukščiai. Daugelio paukščių rūšių, ypač varnų šeimai, būdingas labai sudėtingas socialinis elgesys ir gebėjimas sudėtingai mąstyti. Paprastai jie sugeba tai padaryti, nepaisant to, kad jų smegenys yra mažesnės nei daugelio rūšių, turinčių ne tokius baisius pažinimo gebėjimus. Kai kurie ekspertai mano, kad taip yra todėl, kad paukščiai turi ypač sudėtingas neuronų struktūras, kurios leidžia jų smegenims veikti efektyviau.
Taip pat yra kitų tyrimų, rodančių stiprų tiesioginį ryšį tarp smegenų dydžio ir intelekto. Šiuose tyrimuose buvo nagrinėjami įvairių rūšių intelekto testai ir daugiausia dėmesio buvo skiriama bendresniam problemų sprendimo gebėjimui. Šių rezultatų priežastis ginčijama. Kai kurie ekspertai mano, kad vien dėl to, kad gyvūnai yra fiziškai didesni, gyvūnams dėl kokių nors priežasčių reikia daugiau intelekto, o kiti mano, kad smegenų dydis yra pagrindinis veiksnys.
Žmonių smegenų dydžio ir intelekto tyrimai taip pat buvo gana prieštaringi. Pavyzdžiui, dauguma vyrų turi didesnes smegenis nei dauguma moterų, tačiau tyrimais nepavyko rasti statistiškai reikšmingų vyrų ir moterų intelekto skirtumų. Yra daug atvejų, kai daug mažesnes smegenis turintys žmonės sugebėjo parodyti daug didesnį protinį pajėgumą nei žmonės su didesnėmis smegenimis. Paprastai tiesa, kad smegenų dydis ir kūno dydis paprastai yra proporcingai susiję tarp žmonių, tačiau intelektas ir kūno dydis dažnai visiškai nesusiję.
Kai kurie ekspertai mano, kad smegenų struktūra, o gal konkretus tam tikrų smegenų dalių dydis yra labiau susiję su intelektu. Taip pat yra įrodymų, kad smegenų dydis kinta priklausomai nuo žmogaus patirties, o kai žmonės įgyja daugiau protinių žinių, jų smegenys iš tikrųjų gali augti. Yra daug įrodymų, leidžiančių manyti, kad tai atsitinka vaikystėje, kai žmonės vystosi, tačiau taip pat yra įrodymų, kad taip nutinka ir žmonėms sulaukus pilnametystės.