Presbiterionų teologija kilusi iš protestantizmo ir kilusi iš Jono Kalvino mokymų. Pagrindinis principas, valdantis presbiterionų teologiją, yra tas, kad išganymas ateina tik per tikėjimą, o ne gerbiant atvaizdus ir šventuosius ar meldžiantis už mirusiuosius. Kai kurie žymūs presbiterionų bažnyčios vadovai buvo Johnas Knoxas Škotijoje ir Ulrichas Zwingli bei Heinrichas Bullingeris Šveicarijoje.
Terminas „presbiterionas“ kilęs iš presbyteros, kuris graikiškai reiškia „vyresnysis“. Presbiterionų bažnyčios organizacija yra panaši į protestantų bažnyčių, kurios perėmė protestantų reformacijos idėjas Šveicarijoje. Kunigai, kuriuos demokratiškai renka vietos krikščionių bendruomenės tiek iš vyrų, tiek iš moterų, administruoja Presbiterionų bažnyčią. Jie taip pat yra Bažnyčios tarybų, presbiterijų, sinodų, Nacionalinės tarybos ir Aukščiausiosios Tarybos nariai.
Presbiterionų bažnyčios teologija priima ir Apaštalų, ir Nikėjos tikėjimo išpažinimą. Tarp šio tipo teologijos akcentų yra dieviškasis išrinkimas, Dievo suverenitetas, sakramentų svarba ir tobula pamaldumo bei intelektualinės kultūros pusiausvyra. Net jei ši teologija yra kilusi iš Kalvino mokymų, ji nemoko, kad Dievas vienus žmones paskyrė išganymui, o kitus – pasmerkimui. Presbiterionai mano, kad nors visi žmonės nusipelno bausmės už savo nuodėmingą prigimtį, Dievas nusprendė išganymui pasirinkti skaičių ir leisti kitiems eiti savo keliu.
Presbiterionų teologijoje priimami tik du Jėzaus įsteigti sakramentai: krikštas ir Viešpaties vakarienė. Presbiterionai tiki, kad krikštas yra Jėzaus įsteigtas sakramentas, kurio metu į bažnyčią įžengusiam žmogui suteikiamas naujagimimas ir nuodėmių atleidimas. Krikštas atliekamas Tėvo, Sūnaus ir Šventosios Dvasios vardu ir gali būti daromas tik kartą gyvenime. Vanduo naudojamas kaip išorinis krikšto elementas, tačiau panardinti nebūtina. Viešpaties vakarienė primena Jėzaus auką ant kryžiaus, o išoriniai elementai – duona ir vynas – atitinkamai simbolizuoja Jėzaus kūną ir kraują.
Presbiterijonų teologijoje Biblija yra priemonė, kuria krikščionys mokosi apie Dievo buvimą visose žmogaus gyvenimo srityse, nuo laikų pradžios iki šių dienų. Presbiterionai tiki, kad amžiną Dievo gerumą ir nuolatinę meilę savo kūriniams galima suprasti studijuojant Bibliją. Senąjį ir Naująjį Testamentą naudoja presbiterionai.
Presbiterionų kolegijos egzistuoja visose šalyse, kuriose yra ši bažnyčia. Daugelis jų siūlo vaikams tradicinį išsilavinimą pagal presbiterianizmo moralės principus. Žmonėms, norintiems įgyti teologijos laipsnį, presbiterionų kolegijos siūlo kursus, susijusius su presbiterionų teologija, misijų darbu ir pastoraciniu konsultavimu.