Dauguma benzokaino šalutinių poveikių yra gana lengvi ir gali sudirginti odą naudojimo vietoje. Kai kuriems žmonėms, vartojantiems šį vaistą, gali atsirasti galvos skausmas, padidėjęs prakaitavimas ar nerimas. Rimtesni šalutiniai poveikiai, apie kuriuos reikia pranešti gydytojui, kad jis toliau įvertintų, yra galvos svaigimas, odos spalvos pokyčiai arba infekcija. Retai gali pasireikšti potencialiai gyvybei pavojinga alerginė reakcija, vadinama anafilaksija, sukelianti tokius simptomus kaip padažnėjęs širdies susitraukimų dažnis, veido patinimas ar pasunkėjęs kvėpavimas. Bet kokį įtariamą benzokaino šalutinį poveikį turi įvertinti medicinos specialistas, kad įsitikintų, jog vartojant šį vaistą nėra rimtų komplikacijų.
Lengvas paraudimas ir diskomfortas vartojimo vietoje yra dažniausiai pranešami benzokaino šalutiniai poveikiai, kurie paprastai išnyksta per kelias minutes ar valandas po šio vaisto vartojimo. Labai stiprus skausmas, padidėjęs paraudimas arba pūslių susidarymas gali rodyti alergiją, todėl apie tai reikia pranešti gydytojui. Kartais pažeistoje vietoje gali atsirasti sausų odos dėmių, primenančių egzemą. Nutraukus vaisto vartojimą, šie simptomai paprastai praeina savaime.
Odos infekcijos arba spalvos pakitimas yra gana nedažnas benzokaino šalutinis poveikis, tačiau, jei jie atsiranda, reikia nedelsiant kreiptis į gydytoją. Vietiniai arba geriamieji antibiotikai paprastai naudojami infekcijoms, atsirandančioms dėl benzokaino vartojimo, pašalinti. Gydytojas turi įvertinti bet kokį odos spalvos pasikeitimą, kad įsitikintų, jog nėra rimtų komplikacijų, tokių kaip sumažėjusi kraujotaka pažeistoje vietoje. Simptomai, tokie kaip galvos skausmas ar galvos svaigimas, paprastai būna lengvi, tačiau jei šie šalutiniai poveikiai išlieka arba pablogėja, reikia pranešti gydytojui.
Galimas benzokaino šalutinis poveikis yra traukuliai, širdies ritmo pokyčiai arba stiprus pykinimas. Pilvo mėšlungis, viduriavimas ar vėmimas turi būti mediciniškai įvertinti, ypač jei kartu yra karščiavimas. Juodos ar kruvinos išmatos ar vėmimas, primenantys kavos tirščius, turėtų paskatinti apsilankyti artimiausioje ligoninėje, kad būtų išvengta sunkių virškinimo trakto pažeidimų.
Anafilaksija yra vienas pavojingiausių galimų benzokaino šalutinių poveikių ir gali sukelti mirtį per kelias minutes be skubios medicinos pagalbos. Krūtinės skausmas, pasunkėjęs kvėpavimas ir sąmonės netekimas net kelioms sekundėms yra galimi anafilaksijos požymiai. Veido patinimas, ypač liežuvis ar gerklė, gali sukelti nuolatinį smegenų ir kitų kūno organų pažeidimą dėl deguonies trūkumo kraujyje.