Dešiniojo skilvelio hipertrofijos gydymas kiekvienam pacientui skiriasi ir priklauso nuo pagrindinių šios būklės priežasčių. Kai kuriems su šiuo sutrikimu susijusiems simptomams gydyti gali būti naudojami receptiniai vaistai, tokie kaip AKF inhibitoriai, beta adrenoblokatoriai ir diuretikai. Širdies plakimui reguliuoti gali būti naudojami implantuojami prietaisai, tokie kaip širdies stimuliatorius ar defibriliatorius. Sunkesnėse situacijose gali prireikti chirurginės intervencijos ar net širdies persodinimo, kad liga būtų sėkmingai išgydyta. Kadangi nėra standartizuoto šios būklės gydymo, bet kokius klausimus ar rūpesčius dėl dešiniojo skilvelio hipertrofijos gydymo konkrečioje situacijoje reikia aptarti su gydytoju ar kitu medicinos specialistu.
Receptiniai vaistai gali būti naudojami specifinėms ligoms, susijusioms su dešiniojo skilvelio hipertrofija, gydyti. Kai kurios iš šių būklių yra bronchitas, kraujo krešuliai plaučiuose ir aukštas kraujospūdis. Diuretikai gali būti naudojami siekiant pašalinti perteklinį skysčių kiekį iš organizmo, o AKF inhibitoriai arba beta adrenoblokatoriai paprastai skiriami siekiant padėti kontroliuoti kraujospūdį. Prireikus atskiriems simptomams gydyti, kai jie vystosi, gali būti naudojami papildomi vaistai.
Kai kuriems pacientams, kuriems diagnozuota ši būklė, gali prireikti širdies stimuliatoriaus arba implantuojamo defibriliatoriaus. Kiekvienas iš šių prietaisų reikalauja operacijos, nors procedūros paprastai laikomos minimaliai invazinėmis ir nereikalauja ilgo atsigavimo laikotarpio. Širdies ritmui reguliuoti naudojami ir širdies stimuliatorius, ir defibriliatorius, o chirurgas nuspręs, kuris iš prietaisų tinkamiausias konkrečiai situacijai.
Atvira širdies operacija gali būti naudojama kaip dešiniojo skilvelio hipertrofijos gydymo metodas, jei širdis labai pažeista arba jei mažiau invaziniai gydymo metodai nebuvo sėkmingi. Tokio tipo chirurginė procedūra gali būti naudojama širdies vožtuvams taisyti, blokadoms pašalinti arba bet kokiai širdies ar aplinkinių struktūrų žalai gydyti. Yra didelė rizika, susijusi su atvira širdies operacija, todėl prieš pasirenkant šį metodą išnagrinėjamos kitos galimybės.
Širdies persodinimas naudojamas kaip paskutinė gydymo priemonė tiems, kuriems yra dešiniojo skilvelio hipertrofija, ir taikoma tik tada, kai širdies pažeidimas tampa toks sunkus, kad paciento gyvybė nebegali būti palaikoma. Širdies ir plaučių aparatas gali būti naudojamas ribotą laiką, kol atsiras donoro širdis. Po transplantacijos vaistus reikės vartoti kasdien visą likusį gyvenimą, kad sumažėtų organo atmetimo tikimybė.