Dažniausios reakcijos į amoksiciliną dažniausiai atsiranda dėl alergijos. Mažesniam skaičiui žmonių gali pasireikšti nealerginis bėrimas, kuris paprastai atsiranda praėjus kelioms dienoms po amoksicilino vartojimo. Alerginės reakcijos gali svyruoti nuo lengvų iki sunkių niežulio, pykinimo ir vėmimo atvejų, todėl paprastai rekomenduojama nedelsiant kreiptis į gydytoją. Kai kurie pacientai taip pat pranešė apie kitas reakcijas, įskaitant psichikos pokyčius, nerimą ir nemigą. Išgėrus per didelę amoksicilino dozę, dažnos reakcijos gali prasidėti mieguistumu ir baigtis inkstų sistemos nepakankamumu.
Kai kurie žmonės yra alergiški beta laktaminiams antibiotikams, tokiems kaip amoksicilinas, todėl pirmą kartą vartojant vieną iš šių vaistų gali būti rekomenduojama atidžiai stebėti galimą šalutinį poveikį. Kai atsiranda alerginių reakcijų amoksicilinui, jos paprastai prasideda niežulio pojūčiu. Niežulys gali būti lokalizuotas pirštų galiukuose ir kirkšnyje, nors paprastai jis greitai plinta į kitas vietas. Niežėjimą taip pat gali lydėti bėrimas.
Tolesnės reakcijos į amoksiciliną paprastai pasireiškia pykinimu ir gali sukelti vėmimą ar viduriavimą. Taip pat gali išsivystyti karščiavimas, tačiau tai gali būti nepastebėta, jei amoksicilinui gydyti skirta liga jau buvo susijusi su karščiavimu. Visos šios dažnos reakcijos į amoksiciliną gali labai greitai tapti rimtos, o vėmimas ir viduriavimas gali sukelti dehidrataciją. Gali būti protinga kreiptis į gydytoją, kai atsiranda pirmieji simptomai.
Rečiau gali atsirasti ir nealerginis bėrimas. Nors šie bėrimai dažnai yra labai panašūs į alergines reakcijas, medicinos specialistas paprastai gali pasakyti skirtumą. Šie bėrimai paprastai yra niežtintys ir dažniausiai atsiranda praėjus maždaug trims dienoms po pirmojo amoksicilino vartojimo. Tie, kurie serga Epstein-Barr viruso sukelta mononukleoze, gali patirti tokią nealerginę reakciją į amoksiciliną daug dažniau nei kiti.
Nepriklausomai nuo šalutinio poveikio tipo ar sunkumo, kreiptis į gydytoją paprastai yra geriausias būdas susidoroti su reakcijomis į amoksiciliną. Jei tai alerginė reakcija, simptomai gali išsivystyti labai greitai ir tapti sunkūs ir netgi pavojingi gyvybei. Tais atvejais, kai patiriamos tokios reakcijos, beta laktaminiai antibiotikai, tokie kaip amoksicilinas, dažniausiai bus vengiami gydant būsimas ligas. Tačiau nealerginis amoksicilino bėrimas neapsaugos nuo tolesnių šios klasės vaistų skyrimo.