Benzoilo peroksidas dažnai naudojamas spuogams pašalinti, tačiau daugelis pacientų gydymo metu patiria tam tikrą šalutinį poveikį. Dauguma dažniausiai pasitaikančių benzoilo peroksido šalutinių poveikių yra vietiniai, paveikiantys tik veido odą. Pavyzdžiui, pritaikius tokio tipo spuogų gydymą, laikoma normalu, kad oda yra sausa, kuri jaučiasi švelni ir atrodo raudona. Rimtesnis šalutinis poveikis yra pūslių susidarymas ir pluta, taip pat spuogai, kurie, atrodo, iš tikrųjų pablogėja panaudojus benzoilo peroksidą. Kita vertus, alergiški šiam vaistui gali pastebėti ne tik vietinį šalutinį poveikį, nes jiems net gali būti sunku kvėpuoti.
Tam tikras benzoilo peroksido šalutinis poveikis pasireiškia tik gydymo pradžioje ir išnyks, kai oda pripras prie vaisto. Pavyzdžiui, manoma, kad po šio vaisto vartojimo oda gali jaustis sausa ir šiek tiek sudirgusi. Šiuo metu jis taip pat gali jaustis švelnus ir atrodyti raudonas. Deja, kai kurie žmonės taip pat pastebi, kad jų oda pradeda luptis, kai pamažu pripranta prie vaistų, nors jie taip pat turėtų pastebėti, kad spuogai pamažu išnyksta tuo pačiu metu. Dėl šių lengvų benzoilo peroksido šalutinių poveikių daugeliui pacientų gydytojas pataria vartoti vaistus tik kas antrą dieną, kol oda pripras.
Yra pacientų, kurie pastebi stipresnį šalutinį poveikį, kurį sunku ignoruoti. Ant odos gali atsirasti pūslių arba pluta, ji gali turėti nuolatinį raudoną atspalvį. Nenuostabu, kad raudoną veidą gali lydėti šilumos jausmas, taip pat perštėjimas. Apie šį šalutinį benzoilo peroksido poveikį paprastai reikia pranešti gydytojui, ypač jei atrodo, kad spuogai nepradėjo išnykti. Tiesą sakant, kai kurie žmonės pastebi, kad jų spuogai dar labiau paaštrėja, o tai gali reikšti, kad tai nėra geriausias vaistas jiems.
Nors kai kurie benzoilo peroksido šalutiniai poveikiai laikomi nedideliais ir net tikėtini, kiti yra alergijos požymiai, o tai reiškia, kad kai kurie pacientai turi nedelsiant nutraukti vaisto vartojimą. Pavyzdžiui, atsirandantis dilgėlinė, raudonas bėrimas veide arba nuolatinis niežėjimo jausmas paprastai nelaikomi normaliais. Tai ypač aktualu, jei šiuos šalutinius poveikius lydi spaudimo pojūtis krūtinėje, dėl kurio sunku kvėpuoti, taip pat galvos svaigimas. Toks benzoilo peroksido šalutinis poveikis paprastai rodo alergiją ir paprastai reikalauja nedelsiant kreiptis į gydytoją.