Vyrų šlapimo sistema arba išskyrimo sistema susideda iš inkstų, šlapimo pūslės, šlapimtakių ir šlaplės. Vyrų šlapimo sistemos paskirtis – surinkti ir pašalinti iš organizmo skystas atliekas šlapimo pavidalu. Vyrų šlapimo sistema šiek tiek skiriasi nuo moterų šlapimo sistemos dėl lytinių organų tarpusavio ryšio.
Inkstai yra užpakalinėje pilvo ertmės dalyje tiesiai po apatiniais šonkauliais ir virš apatinės nugaros dalies. Abiejose kūno pusėse yra vienas inkstas. Inkstai yra pupelės formos ir maždaug suaugusio žmogaus kumščio dydžio.
Pagrindinė inkstų funkcija yra išsijoti atliekas ir vandens perteklių iš kraujotakos. Inkstų viduje yra mažos atliekų perdirbimo struktūros, vadinamos nefronais, kurios yra atsakingos už šlapimo gamybą. Nefronų viduje yra mažos kraujagyslės, vadinamos glomerulais, kurios veikia kaip filtrai, kurie palaiko sveikus kraujo komponentus ir išplauna toksinus bei atliekas.
Šlapimas išeina iš inkstų per du vamzdelius, vadinamus šlapimtakiais. Vienas šlapimtakis yra abiejų inkstų viduryje organų, nukreiptų į stuburą, šone. Jie tęsiasi per kūną ir jungiasi prie šlapimo pūslės galo.
Šlapimo pūslė arba šlapimo pūslė surenka ir sulaiko šlapimą. Tai plečiamas, tuščiaviduris ir raumeningas organas, esantis ant dubens dugno, kuris taip pat vadinamas dubens diafragma. Vyrų šlapimo sistemoje šlapimo pūslė yra tarp tiesiosios žarnos ir gaktos simfizės, kuri yra kremzlės sąnarys, jungiantis gaktos kaulų dalis.
Vyrų šlapimo pūslė sėdi virš prostatos liaukos, kuri yra struktūra, kurios nėra moterims. Moterų šlapimo sistemoje šlapimo pūslė yra žemiau gimdos makšties viršuje. Vyrų šlapimo pūslė yra didesnė ir gali turėti daugiau šlapimo nei moterų šlapimo pūslė.
Šlapimas iš šlapimo pūslės išeina per raumeninį vamzdelį, vadinamą šlaple. Vyrų šlapimo sistemoje šlaplė tęsiasi nuo šlapimo pūslės iki varpos galo. Moterų šlapimo sistemoje šlaplė tęsiasi nuo šlapimo pūslės iki angos, esančios tiesiai virš makšties ertmės angos. Vyriška šlaplė tarnauja kaip kelias į šlapimą ir spermą ir yra daug ilgesnė nei moteriškoji šlaplė. Dėl didesnio vyriškos šlaplės ilgio, identifikavimo tikslais ji suskirstyta į keturias dalis: priešprostatinę šlaplę, prostatos šlaplę, membraninę šlaplę ir kempinę šlaplę.