Yra daug problemų ir klausimų dėl genų terapijos etikos, susijusios su praktika. Genų terapija apima asmens genetinio profilio keitimą, kuris yra tarsi instrukcijų rinkinys ar planas tam unikaliam asmeniui. Vienas iš etinių susirūpinimą keliančių klausimų yra susijęs su tuo, ar morališkai teisinga daryti tokius pokyčius, ypač jei jie gali turėti įtakos ir ateities kartoms. Kiti rūpesčiai dėl genų terapijos etikos yra susiję su šios technikos taikymu; daugelis mano, kad priimtina jį naudoti žalingiems sutrikimams gydyti, bet ne esminiams žmogaus bruožams stiprinti. Taip pat susirūpinimą kelia šių brangių gydymo būdų prieinamumas ir rizika, kad jie bus skirti turtingiesiems.
Vienas iš pagrindinių rūpesčių dėl genų terapijos etikos yra susijęs su pačios praktikos egzistavimu ir tuo, ar ji morališkai priimtina. Visų rūšių genų terapija apima nuolatinį individo genetinio profilio pakeitimą; viena rūšis, vadinama germinal genų terapija, leidžia pokyčius perduoti palikuonims ir ateities kartoms. Praktikos priešininkai išreiškia abejones dėl nežinomų tolimų šalutinių poveikių ir vystymosi problemų ateities kartoms ir mano, kad prieš prisiimant šią riziką reikia atlikti daugiau tyrimų. Kai kurie taip pat ginčija genų terapiją dėl religinių priežasčių, nes mano, kad tai pažeidžia Dievo planą. Genų terapijos šalininkai nurodo didžiulį potencialą išgelbėti gyvybes ir panaikinti genetinius sutrikimus ir, atrodo, mano, kad atlygis vertas rizikos.
Kitas rimtas susirūpinimas dėl genų terapijos etikos yra tas, kad ja gali būti piktnaudžiaujama. Daugelis žmonių sutinka, kad tai gali būti naudinga gydant gyvybę keičiančius žalingus sutrikimus. Tačiau nerimaujama, kad tai gali paskatinti jį panaudoti siekiant pašalinti bet kokį skirtumą nuo visuomenės idealo. Kai kurie žmonės nerimauja, kad genų terapija gali būti genų inžinerijos, kuriant „tobulą“ žmogų, pradžia. Kitas susirūpinimas yra galimas piktnaudžiavimas genų terapija, siekiant pagerinti asmens veiklą, taip pakeičiant gebėjimus, tokius kaip intelektas, greitis ar koordinacija. Tyrėjai ir Amerikos medicinos asociacija sutinka, kad toks genų terapijos naudojimas būtų etikos pažeidimas ir neturėtų būti leidžiamas.
Taip pat kyla klausimų dėl gydymo išlaidų, susijusių su genų terapijos etika. Atsižvelgiant į eksperimentinį genų terapijos pobūdį, ji yra labai brangi ir paprastai nėra apdrausta medicininiu draudimu. Dėl šių išlaidų genų terapijos gydymas daugeliui žmonių nepasiekiamas, nes paprastai jis prieinamas tik labai turtingiems žmonėms. Kyla susirūpinimas, kad genų terapija gali tapti išskirtiniu gydymu, skirtu pasiturinčiam elitui, o kitiems neleis prieiti. Laikydamiesi medicinos etikos kodekso, daugelis medikų bendruomenės yra įsipareigoję padaryti jį prieinamą visiems, nepaisant socialinio ir ekonominio statuso.