Geriausių gonorėjos antibiotikų pasirinkimas gali priklausyti nuo kelių veiksnių. Tai apima ankstesnį asmens atsaką į pirmosios eilės vaistus ir esamos gonorėjos tipą. Taip pat svarbu, ar asmenys tuo pačiu metu yra užsikrėtę chlamidijomis, o tai nėra ypač įprasta. Tokiais atvejais gali tekti išbandyti daugiau nei vieną antibiotiką.
2007 m. JAV ligų kontrolės centrai (CDC) paskelbė aiškius vadovus, kaip išsirinkti geriausius gonorėjos antibiotikus. Prieš pat šį leidinį, tyrimai parodė, kad viena įprasta antibakterinių vaistų grupė, vadinama florokvinolonais, pradėjo būti neveiksminga, o lytiškai plintančių ligų padermės buvo jai atsparios. Kaip paaiškėjo, gonorėja taip elgdavosi ir su kitais antibiotikais. Paprastai jis taip pat nereaguoja į gydymą tokiais vaistais kaip penicilinas ar tetraciklinas.
CDC paskelbė rekomendacijas dėl geriausių vaistų nuo gonorėjos, remdamasis šiuo naujai atrastu atsparumu florokvinolonams, o tai rodo, kad žmonėms, sergantiems paprastais genitalijų gonorėjos infekcijos atvejais, į raumenis suleidžiama viena ceftriaksono injekcija. Tai yra cefalosporinų grupės vaistas. Ceftriaksonas taip pat skirtas gerklėje atsirandančiai gonorėjai, vadinamai ryklės gonorėja, gydyti.
Jei ligą komplikuoja infekcija chlamidioze, paprastai pridedamas antrasis geriamasis antibiotikas, kuris gali būti vienas iš kelių tipų ir gali apimti įprastus vaistus, tokius kaip Zithromax®. Taip pat yra keletas vaistų, labai panašių į ceftriaksoną, kurių JAV nėra, ir jie gali būti idealūs pakaitalai. Be to, jei gonorėja yra sudėtinga infekcija, po pradinės injekcijos galima sušvirkšti geriamąsias antibiotikų dozes.
Kai kuriais atvejais ceftriaksonas sukelia problemų. Kadangi tai yra cefalosporinas, kai kurie žmonės yra jam alergiški, jei yra alergiški penicilinui. Pasirinkimas yra ieškoti kitų geriausių gonorėjos antibiotikų. Vietoj to gali būti naudojami tokie vaistai kaip doksiciklinas ar klaritromicinas. Kitas būdas yra sumažinti jautrumą vaistui prieš jį duodant. Dažniausiai to daryti nebūtina, o kiti vaistai tinkamai jį pakeis. Yra žinoma, kad tokie vaistai kaip Zithromax® gydys nekomplikuotą gonorėją, tačiau yra susirūpinimas, kad gonorėjos padermės galiausiai taip pat atsispirs azitromicinui.
Norint parinkti geriausius gonorėjos antibiotikus, svarbu išsamiai ištirti ir ištirti paciento alergiją vaistams. Gydytojai vadovaujasi gairėmis, bet sprendimus priima kiekvienu konkrečiu atveju. Šie sprendimai ne visada gali būti identiški gairėms. Be to, gydytojai turi ir toliau vertinti paciento sveikimą. Kartais prireikia papildomo gydymo, net jei buvo taikytas geriausias ir labiausiai rekomenduojamas gydymas.