Yra keletas galimų kelio cistos gydymo būdų, pasirenkant gydymą priklausomai nuo tikslaus cistos tipo. Cista yra maišelis arba maišelis, kuris gali būti pripildytas skysčio arba tirštesnės medžiagos. Kelio cistos, atsiradusios dėl traumų, reumatoidinio artrito ar podagros, gali būti gydomos vaistais, o užkrėstos cistos dažnai reaguoja į antibiotikus. Svarbu gydyti visas pagrindines priežastis, kitaip cista gali pasikartoti. Kelio cistą, kuri sukelia simptomus ir kurios negalima gydyti vaistais, gali prireikti chirurgiškai pašalinti.
Dauguma cistų, atsirandančių kelyje, išsivysto iš vadinamųjų bursų. Bursae yra maišeliai, esantys tose sąnarių dalyse, kuriose atsiranda trintis. Jei dėl per didelio sąnario naudojimo susižalojama, šios bursos gali prisipildyti skysčių ir susidaryti cistos.
Šio tipo kelio cistos gydymas dažniausiai yra medikamentinis, taikant poilsio, kompresinių tvarsčių ir vadinamųjų nesteroidinių vaistų nuo uždegimo (NVNU) derinį. Tais atvejais, kai dėl esamos ligos, tokios kaip podagra, bursa išsivysto į kelio cistą, gydymas vaistais sutelkiamas į pagrindinę būklę. Jei cista užsikrečia, gydymas antibiotikais gali būti visiškai neefektyvus, kol cista nebus nusausinta adata, kai cistos turiniui ištraukti naudojamas švirkštas.
Viena iš labiausiai paplitusių kelio cistų tipų vadinama poplitealine cista arba Beikerio cista, kuri išsivysto iš bursos kelio sąnario gale. Paprastai Beikerio cista atsiranda, kai pažeidžiamos kelio sąnario viduje esančios struktūros, tačiau ji taip pat gali atsirasti pacientams, sergantiems tokiomis ligomis kaip osteoartritas ir reumatoidinis artritas. Gali atsirasti skausmo ir skysčio aplink kelio sąnarį simptomai. Šio tipo kelio cistos gydymas gali būti atliekamas namuose, naudojant NVNU, poilsio, ledo ir kompresinių tvarsčių derinį. Jei simptomai išlieka, gydytojas gali suleisti kortikosteroidų vaistų į kelį, kad sumažintų patinimą ir skausmą.
Nors Beikerio cistos paprastai nepašalinamos chirurginiu būdu, gali prireikti operacijos, kad būtų pašalintas bet koks kelio sąnario pažeidimas, dėl kurio cista susiformavo. Į kelį įkišamas ilgas plonas instrumentas, vadinamas artroskopu, galintis fotografuoti sąnario vidų. Tai leidžia chirurgui aptikti bet kokias sužalotas struktūras ir jas pataisyti naudojant įrankius, susijusius su artroskopu. Paprastai kelio cistą, kuri neatsirado iš bursos ir kurios simptomai nepalengvėja kitais metodais, greičiausiai reikės chirurgiškai pašalinti.