Tipiškas toksoplazmozės gydymas yra šešių savaičių antimalarinių vaistų ir antibiotikų kursas, o skirtingi gydymo būdai apima tik skirtingus vaistus. Dauguma sveiką imuninę sistemą turinčių žmonių nežino, kad yra užsikrėtę toksoplazmoze, nes infekcija nesukelia jokių ligos simptomų. Jei žmogus suserga toksoplazmoze, jam pasireikš į gripą panašūs simptomai. Nėščioms moterims kyla didesnė toksoplazmozės simptomų atsiradimo rizika, todėl įtarus infekciją jas reikia ištirti. Įgimta toksoplazmozė gali sukelti komplikacijų negimusiam kūdikiui, todėl būsimai mamai paprastai pradedamas antibiotikų režimas.
Koks toksoplazmozės gydymas bus paskirtas, priklauso nuo to, ar infekcija yra ūmi, ar latentinė. Abiejų tipų atveju reikia naudoti antimaliarinius vaistus ir antibiotikus, kad būtų sunaikintas patogenas, atsakingas už infekciją. Ūminė toksoplazmozė reiškia naują infekciją ir paprastai gydoma pirmetamino ir sulfadiazino deriniu. Nėščios moterys gydomos spirmicinu vadinamu antibiotiku, o šio antibiotiko vartojimas padeda užkirsti kelią infekcijai patekti į kūdikį gimdoje. Gimus kūdikiui galima atlikti tyrimus, kuriais nustatoma, ar jis neserga aktyvia infekcija, o jei kūdikio testas bus teigiamas, prasidės trijų savaičių pirmetamino ir sulfadiazino ciklas.
Antimalarinis pirmetaminas gali susidaryti iki toksiško kiekio kraujyje, kai vartojamas dideliais kiekiais ilgą laiką, todėl daugumai žmonių skiriama folino rūgštis, kad išvengtų toksiškumo kraujyje. Pirmetaminas taip pat gali blokuoti folio rūgšties ir kitų B grupės vitaminų pasisavinimą, todėl gydytojai paskirs tą pačią folio rūgštį, kuri vartojama siekiant išvengti toksiškumo, kad padėtų pakeisti folio rūgšties kiekį organizme. Dažnai prireikia dviejų šių vaistų raundų, tarp gydymo fazių skiriant dviejų savaičių pertrauką nuo vaistų. Toksoplazmozės gydymo vaistais režimas yra beveik universalus visiems pacientams ir paprastai yra veiksmingas infekciją pašalinti.
Toksoplazmozės gydymas gali trukti net 12 savaičių. Jei infekcija yra atspari standartiniams vaistams nuo maliarijos ir antibiotikams, ji tampa latentine infekcija, todėl būtinas tolesnis gydymas. Šie vaistai kartais skiriami pacientams, kurių imunitetas nusilpęs, kaip pirmoji toksoplazmozės gydymo linija. Atovakvonas ir klindamicinas yra du antibiotikai, naudojami toksoplazmozės cistoms naikinti, kai kiti antibiotikai neveikia. Gydytojai dažniausiai sugeba sėkmingai gydyti toksoplazmozę be jokių ilgalaikių pasekmių, tačiau kai kurie kūdikiai, užsikrėtę prieš gimimą, gali gimti su lengvomis infekcijos komplikacijomis.