Aktyvuota anglis šimtmečius buvo naudojama medicininėms ligoms gydyti. Šiuo metu aktyvintosios anglies naudojimas skiriasi priklausomai nuo to, ar jas patvirtino gydytojai, ar alternatyvios medicinos specialistai. Buvo atlikti gydymo aktyvuota anglimi veiksmingumo tyrimai, o kai kurių ligų dozės buvo standartizuotos. Medicinos specialistai teigia, kad vis dėlto reikėtų atlikti daugiau tyrimų, kad būtų patvirtintas jo veiksmingumas gydant kitas ligas. Plačiausiai priimtas aktyvintos anglies naudojimas yra apsinuodijimo ir perdozavimo gydymas.
Kai kurie gydytojai suaugusiuosius gydo geriamomis aktyvintosios anglies vidurius laisvinančių vaistų dozėmis, kad greitai išvalytų iš organizmo nuodus; pacientai, kuriems taikomas šis gydymas, turi būti atidžiai stebimi dėl viduriavimo. Dauguma gydytojų nevartoja anglies vidurius laisvinančių preparatų vaikams dėl elektrolitų disbalanso rizikos. Aktyvintoji anglis nėra priešnuodis nuo visų vaistų perdozavimo, tačiau ji veiksminga chininui, karbamazepinui ir fenobarbitaliams, be kitų medicininiuose dokumentuose išvardytų vaistų. Naudojama kaip priešnuodis, aktyvintoji anglis sugeria organines chemines medžiagas skrandyje, kol šios cheminės medžiagos gali pasklisti po kūną. Tačiau priešnuodžio veiksmingumas priklauso nuo suvartotų nuodų kiekio ir greito medicininės pagalbos.
Alternatyviosios medicinos specialistai aktyvintąją anglį naudoja kitais būdais; kai kurie jį naudoja kaip bendrą detoksikuojančią priemonę, gydydami pramoginį amfetamino ir kokaino vartojimą, arba net kaip vaistą nuo pagirių vartojant alkoholį. Be to, tiems, kurių sistemose dėl cheminių ir toksinių medžiagų poveikio darbe susikaupia toksinų, gydytojai naudoja aktyvuotą anglį kartu su specialiomis dietomis ir saunomis, kad gydytų pažeistą imuninę sistemą. Kiti aktyvintosios anglies naudojimo būdai apima kovą su kraujo patogenais, tokiais kaip virusai, kenksmingos bakterijos ir sisteminės infekcijos.
Be to, eksperimentinis aktyvintos anglies naudojimas medicinoje išlieka prieštaringas. Vienu iš šių naudojimo būdų siekiama sumažinti tulžies nutekėjimą nėščioms moterims. Kai kurie vaistininkai ir klinikiniai technologai rekomenduoja jį naudoti žarnyno dujų mažinimui. Kiti sveikatos priežiūros specialistai netgi mano, kad aktyvuota anglis gali veiksmingai išvalyti cholesterolio kraują; Ankstyvieji šio junginio geriamojo preparato naudojimo bandymai buvo neįtikinami.