Savęs žalojimo gydymas yra pritaikytas kiekvieno asmens poreikiams. Terapeutas pradės dirbti su pacientu, kuris žaloja save, kad suprastų tokio elgesio priežastis ir atrastų strategiją, kurią pacientas gali naudoti vietoj savęs žalojimo. Gydymas dažnai apima gydymą ir gali apimti vaistus. Nors kiekvienam žmogui savižalos gydymas yra skirtingas, jis paprastai yra veiksmingas, kai žmogus pripažįsta, kad destruktyvų elgesį reikia pakeisti tokiu, kuris nesukelia sužalojimo.
Pirmas žingsnis siekiant bet kokio sėkmingo savęs žalojimo gydymo plano yra tai, kad pacientas atpažintų problemą. Pacientai, kurie nenori nustoti kenkti sau, gali būti gydomi, kad aptartų priežastis, kodėl jie nori tęsti tokį elgesį. Jei savęs žalojimas yra sunkus ir kelia pavojų paciento sveikatai bei saugumui, gali prireikti laikinai būti psichiatrinėje ligoninėje. Užtikrinęs paciento saugumą, pacientas gali grįžti namo ir pradėti gydymą pas gydytojus, kurie yra apmokyti gydyti savęs žalojimą.
Kai kuriems pacientams psichikos sveikatos sutrikimai gali būti savęs žalojimo priežastis. Jie gali būti prislėgti arba kenčia nuo generalizuoto nerimo sutrikimo ar kitų ligų, dėl kurių jaučiamas poreikis žaloti save. Pacientui, turinčiam vieną iš šių sutrikimų, gali būti skiriami receptiniai vaistai, padedantys kontroliuoti simptomus. Tačiau ne visi pacientai kenkia sau dėl psichikos sveikatos sutrikimo.
Terapija yra pagrindinis savęs žalojimo gydymo dėmesys. Pacientai gali dirbti po vieną su terapeutais arba grupinėje terapijoje. Terapijos tikslas – padėti pacientui nustatyti, kokios sąlygos sukelia jausmą, kad reikia pakenkti, kad tokį elgesį būtų galima numatyti ir jo išvengti.
Naujo elgesio mokymasis yra dar vienas savęs žalojimo gydymo komponentas. Terapeutai dirbs su pacientais, kad surastų tinkamus elgesio pakaitalus, pritaikytus paciento poreikiams. Pacientų, kurie save žaloja dėl nerimo, gali būti paprašyta pabandyti išsimaudyti šiltoje vonioje arba klausytis švelnios muzikos kaip alternatyvaus elgesio, o pacientų, kurie kenkia sau dėl pykčio, gali būti paprašyta pabandyti mankštintis ar kelti triukšmą, kad būtų lengviau emocija.