Lytinių organų rekonstrukcinė chirurgija paprastai reiškia operaciją, kuria siekiama ištaisyti apsigimimus ar apsigimimus genitalijų srityje, atsiradusius dėl traumos ar ligos. Tokio tipo operacija taip pat gali būti vadinama interseksualine chirurgija, skirta kūdikių, gimusių su dviprasmiškais išoriniais lyties organais, defektams ištaisyti. Lyties keitimo operacija yra kita lytinių organų rekonstrukcinės chirurgijos forma, kurią pasirenka transseksualūs arba transseksualūs asmenys. Lyties organų rekonstrukcinė chirurgija gali būti atliekama dėl kosmetinių priežasčių, o kitos operacijos gali užtikrinti normalų lytinį funkcionavimą.
Intersex lytinių organų rekonstrukcinė chirurgija gali būti atliekama kūdikiams, vaikams ar suaugusiems, gimusiems su apsigimimais. Moterims chirurgija gali sumažinti klitorio dydį, sukurti angą mėnesinėms ir pašalinti sėklides. Operacijos berniukams gali gydyti nenusileidusias sėklides ir atverti varpos kanalą šlapinimuisi. Šiomis operacijomis paprastai siekiama, kad lytiniai organai atrodytų normalūs vaikui, gimusiam su lytiniais organais, kurie nesivysto kaip tik vyriški ar moteriški.
Transseksualių lytinių organų rekonstrukcinė chirurgija gali pakeisti lytinių organų išvaizdą iš moters į vyrišką. Varpos implantai ir kapšelio sukūrimas iš audinių, paimtų iš kitų kūno vietų, yra dvi įprastinės procedūros. Fiziologinio tirpalo arba gelio implantai, įdedami į naują kapšelį, dažniausiai pasitaiko moterų ir vyrų lytinių organų rekonstrukcinės chirurgijos metu. Šios operacijos gali apimti varpos sukūrimą iš audinių, paimtų iš burnos ar makšties. Implantuotas strypas arba pompa gali leisti erekciją, jei mikrochirurgija sėkmingai sujungia kraujagysles ir nervus.
Lyties keitimo lytinių organų rekonstrukcinė operacija vyrams gali apimti dalį varpos, kurioje yra nervinių galūnėlių, klitoriui sukurti. Tai gali leisti vyrui-moteriai transseksualui išlaikyti pojūtį ir gebėjimą pasiekti orgazmą. Chirurgija taip pat gali apimti audinio iš varpos arba kapšelio naudojimą, kad būtų sukurta makštis. Kai šis audinys netinka, dalis gaubtinės žarnos gali būti naudojama makšties formavimui. Persodintas audinys taip pat gali būti naudojamas kaip vidinės ir išorinės makšties lūpos.
Lytinių organų rekonstrukcinės operacijos taip pat gali būti ieškoma vien dėl kosmetinių priežasčių. Kai kurie vyrai gimsta su šlapimu, esančiu apatinėje varpos pusėje, arba varpą, kuri išlinksta. Nutukę vyrai gali pastebėti, kad jų varpos nesimato, nes juos supa riebalai. Šių defektų pašalinimo operacijas paprastai atlieka plastikos chirurgas.
Moteris gali norėti atlikti operaciją, kuria siekiama sugriežtinti gimdymo ištemptą makštį. Kitos rekonstrukcinės procedūros gali sumažinti gaktos sritį, tai operacija, vadinama labiaplastika, kai dėl to drabužiai iškyla negražiai. Riebalų perteklius taip pat gali būti pašalintas naudojant riebalų nusiurbimą.