Kondilomos gydymas apima vietinius vaistus, užšalimo temperatūrą, elektros srovę ir anglies dioksido lazerius. Gydytojai taip pat gali pasirinkti chirurginį pašalinimą. Gydymo eiga paprastai priklauso nuo paciento sveikatos ir imuninės sistemos būklės, nėštumo būklės ir ankstesnių gydymo metodų sėkmės. Sveikatos priežiūros paslaugų teikėjai paprastai gydo pacientus tik su matomais pažeidimais, tikėdamiesi, kad pašalinimas padės imuninei sistemai slopinti virusinių ląstelių dauginimąsi.
Pradinis gydymas paprastai yra vietinio gelio, tirpalo ar tepalo tepimas ant pažeidimų. Kai kuriuos vaistus reikia vartoti kelis kartus per dieną, o kitus reikia vartoti vieną kartą per dieną tam tikrą skaičių dienų per savaitę. Šie preparatai paprastai yra šarminiai ir skirti sunaikinti pažeistą audinį. Šalutinis poveikis skiriasi priklausomai nuo vaisto tipo ir svyruoja nuo lengvo iki sunkaus. Kai kurios vietinės priemonės gali sukelti aplinkinių sričių deginimą ir niežėjimą, o kiti preparatai gali skausmingai išopinti odą.
Kai vietiniai vaistai duoda nepakankamų rezultatų ir pacientė yra nėščia, gydytojai kondilomą dažnai gydo krioterapija. Šio tipo kondilomų gydymas paprastai yra sėkmingas esant mažesniems pažeidimams. Prie kiekvieno pažeidimo uždedamas kriozondas, kuriame yra skysto azoto. Greitas užšaldymas ir vėlesnis atšildymas ardo ląstelių sieneles ir sukelia didelius ląstelių pažeidimus. Uždegimas po gydymo taip pat gali prisidėti prie ląstelių naikinimo proceso.
Elektrodesikacija arba elektrochirurgija yra procesas, kurio metu elektros srovė perduodama per adatą arba mažą kilpą. Bipolinis adatos metodas tiekia aukšto dažnio generuojamą šilumą, kad būtų galima tiksliai nustatyti dėmes. Bipolinė kilpa sudegina ir pjauna audinius, taip pat stabdo kraujavimą. Šis kondilomos gydymo būdas dažnai naudojamas stambesnėms lytinių organų karpoms šalinti. Tai gali būti atliekama ambulatoriškai taikant vietinę nejautrą.
Anglies dioksido lazerio terapija gali būti atliekama taikant vietinę ar bendrąją nejautrą. Tokiu būdu gydant kondilomą, pažeidimai paprastai sunaikinami, kartu tausojant aplinkinę sveiką odą. Tokio tipo kondilomų gydymas dažnai naudingas pacientams, kenčiantiems nuo atsparių ar didelių pažeidimų. Ataskaitose teigiama, kad net pusė pacientų, kuriems taikomas gydymas lazeriu, per trejus metus tampa visiškai be pažeidimų.
Chirurginiu būdu pašalinant kondilomų pažeidimus skalpeliu iš kūno išimamas audinys. Tai gali būti atliekama taikant vietinę arba bendrąją nejautrą. Šis kondilomų gydymo metodas dažniausiai skirtas platiems ar atspariems ligos procesams, todėl pašalinus pažeidimą gali prireikti siūlų. Tyrimai rodo, kad iki 72% pacientų, kuriems buvo atliktas chirurginis pašalinimas, per vienerius metus tampa be pažeidimų.