Antibiotikų gamybos procedūros priklauso nuo to, ar produktas yra natūralus, pusiau sintetinis ar visiškai sintetinis. Natūralūs vaistai gaminami kontroliuojamomis sąlygomis kultivuojant mikroorganizmus ir surenkant jų ekspresuojamus junginius, o pusiau sintetiniai produktai apima papildomą natūraliai gaminamų cheminių medžiagų modifikavimo veiksmą. Sintetika, kaip ir sulfatinės medžiagos, gaminama cheminiu būdu. Antibiotikų gamybai visais atvejais reikalinga sterili aplinka, nuolat stebint, ar nėra užteršimo požymių, galinčių trukdyti saugiai gaminti vaistus.
Natūralūs antibiotikai reikalauja paruošti mikroorganizmų, pavyzdžiui, grybų, kultūrą, kuri išreiškia antibiotikus kaip šalutinį produktą. Jie auginami dideliuose fermentacijos rezervuaruose su maistu, kad jie galėtų daugintis. Mikrobiologas prižiūri procesą, kontroliuoja temperatūrą, drėgmę ir kitas sąlygas, kad padidėtų derlius. Antibiotiko sultinio paruošimas gali užtrukti kelias dienas, kurį reikia paleisti per filtravimo sistemas, kad būtų išgrynintas ir ekstrahuojamas vaistas. Testavimas užtikrina personalą, kad antibiotikų gamyba nebuvo užteršta, o vaistai yra pakankamai stiprūs, kad juos būtų galima parduoti visuomenei.
Pusiau sintetiniai narkotikai prisideda prie to. Užuot išvalę ir pakuodami natūralų produktą, gamyklos darbuotojai jį apdoroja cheminiu procesu. Šis antibiotikų gamybos etapas pakeičia vaisto struktūrą. Jis nėra visiškai sintetinis, nes pagamintas iš natūralaus produkto, tačiau tai nėra tas pats produktas, kuris gali būti randamas gamtoje. Šie vaistai gali būti virulentiškesni prieš platesnį organizmų spektrą arba turėti mažiau šalutinių poveikių nei jų natūralios formos. Ampicilinas yra pusiau sintetinių antibiotikų pavyzdys.
Sintetiniai narkotikai gaminami naudojant chemines reakcijas, pradedant žaliava, kuri modifikuojama kontroliuojamoje aplinkoje. Antibiotikų gamybą naudojant sintetinius procesus galima lengviau kontroliuoti, nes tai nėra priklausoma nuo natūralių fermentacijos rezervuaruose naudojamų gyvų organizmų pokyčių. Vis dar reikia atidžiai stebėti, ar nėra užteršimo ir gaminti grynus ir standartinės koncentracijos vaistus.
Kaip ir kitų vaistų, antibiotikų gamybą reguliuoja vyriausybė. Agentūros gali patikrinti gamybos įrenginius ir produktų partijas, turinčias teisę atšaukti vaistus, jei kyla abejonių dėl saugumo ar veiksmingumo. Jie taip pat gali prašyti žurnalų, kuriuose dokumentuojamos testavimo ir kokybės kontrolės procedūros, kad patvirtintų, jog įmonė turi aiškius vidinius standartus ir jų visada laikosi.