Tiek vyrų, tiek moterų šlapimo sistemos struktūra yra vienoda, nors tam tikri komponentai tarp lyčių šiek tiek skiriasi. Sistema filtruoja skystas atliekas iš kraujo, kad būtų išleista kaip šlapimas. Sveikų asmenų šlapimas paprastai yra sterilus; nors jame yra organizmo atliekų, jame nėra nieko toksiškų ar pašalinių medžiagų, tokių kaip bakterijos, virusai ar grybeliai. Kadangi šlapimas yra sterilus, „išgyvenimo patarimas“, kurį galima gerti, iš tikrųjų tinka sveikiems žmonėms, tačiau kadangi jame yra ląstelių atliekų, jis vis tiek nėra naudingas organizmui.
Beveik visą svarbų šlapimo sistemos darbą atlieka inkstai. Nefronai, kurie yra inkstų struktūros, yra atsakingi už atliekų filtravimą iš kraujo. Juose yra didelio paviršiaus kraujagyslių tinklas, todėl atliekos ir druskos perteklius gali išeiti iš kraujo ir pašalinti. Pašalinus druskos perteklių kartu su ląstelių atliekomis, galima labai atidžiai stebėti kraujo sudėtį. Šlapimo sistemos struktūra optimizuoja šį procesą, todėl bet kokie nepalankūs pokyčiai gali būti greitai ištaisyti.
Iš inkstų šlapimas teka į šlapimtakius, kurie yra ploni vamzdeliai, kuriais šlapimas teka žemyn į šlapimo pūslę. Vienas šlapimtakis tęsiasi iš kiekvieno inksto, ir jie niekada nesikerta ir nesąveikauja. Šlapimtakių sienelėse esantys raumenys šlapimą nustumia žemyn į šlapimo pūslę, todėl judėjimas gali tęstis net ir gulint. Raumenys įsitempia ir atsipalaiduoja tokiu būdu, kaip maistas stumiamas žemyn į skrandį, kas kelias sekundes į šlapimo pūslę patekdamas nedidelis šlapimo kiekis. Jei šis judėjimas sutrinka, gali sutrikti ir visa šlapimo sistema, o tai gali sukelti inkstų infekciją arba inkstų akmenligę.
Šlapimas yra laikomas šlapimo pūslėje, kol turi būti išleistas, kad būtų daugiau. Du raumenų žiedai, vadinami sfinkteriais, susitraukia ties šlapimo pūslės anga, kad ji būtų uždaryta, kol jos turinys bus ištuštintas per šlaplę. Šlapimo sistemos struktūra sukurta taip, kad jame būtų kuo daugiau šlapimo, kiek įmanoma ilgiau. Kadangi šlapimo pūslė gali išsitempti, šlapimo sistemos struktūra yra šiek tiek lanksti, tačiau ji sukurta gana nuolatiniam atliekų apdorojimui, todėl šlapimo pūslės ištuštinimo neleidimas ilgainiui gali sukelti kraujo stebėjimo problemų.