Vaisiaus alkoholinis sindromas paprastai negali būti išgydomas, tačiau kai kurie jo simptomai gali būti gydomi, ypač jei jie nustatomi ankstyvame gyvenime. Pavyzdžiui, širdies defektai, kuriuose dažnai yra skylė ar ūžesys, gali būti gydomi operacija. Kiti fiziniai simptomai, tokie kaip klausos ir regėjimo praradimas, dažnai gali būti gydomi klausos aparatais ir akiniais. Žinoma, dažniausiai yra psichikos problemų, susijusių su alkoholio vartojimu nėštumo metu, pavyzdžiui, atsilikimas, mokymosi sutrikimai ir sunkumai mąstyti. Įprastas vaisiaus alkoholinio sindromo simptomų, tokių kaip šie, gydymas apima specialias pamokas mokykloje ir socialines paslaugas anksti.
Vienas iš dažniausių vaisiaus alkoholinio sindromo simptomų yra širdies yda. Tai gali apimti ūžesį, kuris yra gana lengvas anomalija, kurią taip pat turi kai kurie sveiki vaikai. Kita vertus, kai kurie kūdikiai, turintys vaisiaus alkoholio sindromą, gali patirti skilvelių pertvaros defektą, kuris apibūdina skylę sienoje tarp dešiniojo ir kairiojo skilvelių. Kita galima problema, susijusi su vaisiaus alkoholiniu sindromu, yra prieširdžių pertvaros defektas, kai siena tarp viršutinių kamerų neužsidaro. Tokie defektai gali būti pašalinti chirurginiu būdu, tačiau tokio tipo vaisiaus alkoholinio sindromo problemų gydymas dažnai laikomas sudėtingu ir ne visada sėkmingas.
Taip pat yra ir kitų vaisiaus alkoholinio sindromo fizinių simptomų gydymo būdų. Pavyzdžiui, gimus ausys gali būti deformuotos, o tai gali sukelti klausos praradimą kūdikystėje. Tai gali būti išspręsta klausos aparatais, taip pat plastine chirurgija, kad prireikus būtų pakeista ausų išvaizda. Regėjimo praradimas yra dar vienas dažnas šios ligos simptomas, dėl kurio dažnai prireikia akinių ankstyvame amžiuje. Nors vaisiaus alkoholinio sindromo fiziniai simptomai, tokie kaip šie, gydomi, kai kurių paprastai neįmanoma ištaisyti, pavyzdžiui, neįprastai maža galva ar kūnas.
Kai kurie iš labiausiai nerimą keliančių šios ligos simptomų yra psichinės problemos. Pavyzdžiui, protinis atsilikimas, kalbos ir kalbos vėlavimas ir mokymosi sutrikimai yra tik keletas pagrindinių problemų. Tai dažnai reikalauja daugelio metų gydymo nuo ankstyvo amžiaus, pavyzdžiui, elgesio valdymo instruktavimo, taip pat konsultacijų, kaip susidoroti su stresu. Be to, pradėjus lankyti mokyklą vaikams turėtų būti pasiūlytas individualus vaisiaus alkoholinio sindromo gydymas, nes jiems dažnai reikia specialių pamokų, kad pasiektų savo amžiui būdingus etapus. Specialiojo ugdymo pamokos gali leisti jiems sėkmingai mokytis mokykloje, nepaisant mokymosi sutrikimų, hiperaktyvumo ir nesugebėjimo normaliai mąstyti.