Atliekant vazektomiją, perpjaunamas vamzdelis, vadinamas vazos deferens, pernešantis spermatozoidus iš sėklidžių į varpą. Tai yra vyrų sterilizacijos forma, atliekama taikant vietinę ar bendrąją anesteziją. Dažniausios vazektomijos komplikacijos, tos problemos, kurios kartais gali atsirasti dėl procedūros, nėra tokios dažnos, nes apie 90 procentų vyrų nepajus jokio neigiamo poveikio. Kai susiduriama su vazektomijos komplikacijomis, jos dažniausiai apima: infekciją, skausmą, kraujavimą į kapšelį, neįprastai pilnos sėklidės jausmą ir spermatozoidų nutekėjimą, kad susidarytų gumulas, žinomas kaip granuloma. Retai vazektomijos procedūra nepavyksta, nes nupjauti kraujagyslės galai sugeba vėl suaugti.
Vazektomijos komplikacijų, tokių kaip infekcija, gali atsirasti dėl bakterijų patekimo į organizmą per įpjovimus, padarytus kapšelyje operacijos metu. Infekcijos požymiai gali būti skausmas, karštis, paraudimas ir patinimas. Jei po vazektomijos lytinių organų sritis bus švari, tai padės išvengti šios komplikacijos. Antibiotikai yra pasirenkamas gydymas, jei atsiranda infekcija.
Kita vazektomijos komplikacijų, kuri kartais gali būti pastebėta, yra kraujavimas. Tai gali atsitikti nedideliu mastu, todėl gali atsirasti mėlynių, kurios savaime išnyksta per porą savaičių. Padidėjęs kraujavimas gali rodyti problemą, todėl turėtų kreiptis į gydytoją. Kartais kraujas kaupiasi ir susidaro didelis krešulys, vadinamas hematoma, dėl kurio kapšelis ištinsta ir jaučiasi skausmingas. Tai turės pamatyti gydytojas ir gali prireikti tolesnės operacijos, kad būtų pašalintas krešulys.
Skausmas yra viena iš tų vazektomijos komplikacijų, kurios kartais gali tęstis po operacijos ir tapti ilgalaikės. Taip nutinka tik keletui vyrų, o skausmo dažnis ir pobūdis gali skirtis – nuo aštraus veriančio iki nuobodaus skausmo. Gali padėti paprastos priemonės, tokios kaip palaikomųjų apatinių drabužių dėvėjimas ir priešuždegiminių vaistų vartojimas, tačiau jei nechirurginės priemonės nepadeda, gali prireikti kitos operacijos, nes randinis audinys gali sulaikyti nervą ar kitą svarbią struktūrą.
Spermos granuloma yra tvirtas gumbas, susidarantis iš nutekėjusių spermatozoidų ir kartais gali sukelti skausmą ir matomą patinimą, kurį galima gydyti vaistais nuo uždegimo. Kartais gali prireikti chirurginiu būdu pašalinti pernelyg didelę ir skausmingą granulomą. Spermatozoidai taip pat yra atsakingi už sėklidžių pilnumo jausmą, kuris gali atsirasti po vazektomijos, nes jie kaupiasi saugojimo vietose struktūroje, vadinamoje epididimiu. Šis jausmas paprastai praeina savaime per kelias savaites, nes organizmas natūraliai pasisavina spermą.
Retais atvejais įvyksta procesas, vadinamas rekanalizacija, kai nupjauti kraujagyslių galai vėl susijungia. Tai dažniausiai įvyksta per kelis mėnesius po vazektomijos ir laikui bėgant tampa mažiau tikėtina. Vazektomijos gali būti tyčia atšauktos, tačiau operacija yra sudėtinga ir daugeliu atvejų vis tiek gali sukelti nevaisingumą, todėl vazektomijos procedūra geriausiai vertinama kaip nuolatinis vyrų gimstamumo kontrolės metodas.