Sunku nustatyti, ar koks nors vaistas yra 100 procentų saugus vartoti nėštumo metu, ir kodeinas nėra išimtis. Kodeino vartojimo nėštumo metu tyrimai nepaneigia besivystančių kūdikių pavojaus. Paprastai gydytojai vengia jo skirti, nebent nustato, kad vaisto vartojimo nauda yra didesnė už galimą riziką, kurią moteris sutinka vartodama jį. Pagrindinė šių pavojų gali būti augimo sulėtėjimas ir vaisiaus priklausomybė nuo vaisto. Taip pat yra tikimybė, kad vaisius patirs abstinencijos simptomus, kai jo motina nustos vartoti vaistus.
Paprastai gydytojai nenoriai skiria vaistų nėštumo metu. Taip yra dėl to, kad sunku žinoti, ar net švelnus vaistas nesukels apsigimimų ar kitaip nepalankiai paveiks vaisius. Tačiau gydytojai skiria kodeiną nėštumo metu, kai nustato, kad nauda būsimai motinai bus didesnė už pavojų vaisiui. Pavyzdžiui, jei moteris kenčia nuo vidutinio sunkumo ar stipraus skausmo, jam malšinti gydytojas gali skirti kodeino. Kai kuriais atvejais gydytojai taip pat skiria kodeiną, kuris padeda slopinti kosulį.
Kodeino saugumas nėštumo metu yra neaiškus, nes nebuvo atlikta pakankamai kontroliuojamų tyrimų, siekiant nustatyti, ar jis kelia rimtą pavojų besivystančiam kūdikiui, ar ne. Atrodo, kad pagrindinė kodeino vartojimo nėštumo metu rizika yra priklausomybė. Kodeinas gali sukelti priklausomybę ne tik besilaukiančiai mamai, bet ir besivystančiam jos kūdikiui. Be to, susirūpinimą kelia tai, kad kodeino vartojimas nėštumo metu gali sulėtinti vaisiaus augimą. Tiesą sakant, kodeino vartojimas netgi gali sukelti vaisiui abstinencijos simptomus, kai būsimoji motina nustoja jį vartoti.
Jei gydytojas nustato, kad būsimos motinos gydymo poreikis yra didesnis už kodeino vartojimo nėštumo metu riziką, jis gali skirti jai vaistus, rūpindamasis dozavimu. Daugeliu atvejų jis paskirs mažiausią dozę, kuri sumažins skausmą arba numalšins kosulį; mažesnė dozė gali padėti sumažinti pavojų kūdikiui. Jis taip pat gali rekomenduoti jai nutraukti vaisto vartojimą, kai tik simptomai išnyks arba taps lengviau pakenčiami. Kai būsimoji motina pagimdo, kodeino vartojimas gali kelti mažiau rūpesčių. Nors vaistas gali prasiskverbti į motinos pieną, kodeino vartojimas žindymo metu nėra susijęs su didele rizika.