Tonzilektomijos procedūra apima paciento anesteziją, nosies kvėpavimo vamzdelio įkišimą, burnos atremimą, tonzilių pašalinimą ir bet kokio kraujavimo sustabdymą. Tonzilektomija paprastai yra vienos valandos trukmės ambulatorinė procedūra, o pasveikimas trunka nuo vienos iki dviejų savaičių. Ši procedūra dažniausiai rekomenduojama, kai dažnas tonzilitas sukelia miego apnėją arba apsunkina rijimą ir kvėpavimą. Adenoidai kartais pašalinami ir tonzilektomijos metu.
Prieš pradedant tonzilektomijos procedūrą, pacientui skiriamas raminamasis preparatas, kuris atpalaiduotų. Į ranką bus įdėta intraveninė linija skysčiams ir antibiotikams leisti. Patekus į operacinę, chirurginė tonzilektomijos procedūra prasidės taikant bendrą anesteziją. Kad burna būtų švari operacijai, kvėpavimo vamzdelis bus įkištas per nosį, o paskui per gerklę. Tada burna bus atremta, liežuvis bus laikomas nuo kelio ir, jei reikia, gerklės užpakalinė dalis bus padengta vata, kad būtų galima surinkti kraują.
Yra keletas būdų, kuriais galima pašalinti tonziles. Tonziles galima nupjauti skalpeliu, lazeriu arba mikrodebrideriu – sukančiu pjovimo instrumentu su siurbimu. Du nauji metodai, kurie kartais naudojami, suardo tonzilių audinį naudojant radijo dažnio energiją arba sunaikina tonzilių audinį elektriniu šilumos zondu. Pašalinus tonziles, kraujavimas bus sustabdytas sumušant žaizdą arba naudojant mažas siūles. Tonzilektomijos procedūra paprastai trunka apie vieną valandą.
Po tonzilektomijos pacientas bus paguldytas į sveikimo kambarį, kol pasibaigs anestezija ir bus galima išimti kvėpavimo vamzdelį. Dauguma tonzilektomijų atliekamos kaip ambulatorinės procedūros arba jai prireiks tik vienos nakties ligoninėje. Po operacijos pacientui bus nurodoma dažnai gerti, valgyti nedidelį kiekį minkšto maisto ir prireikus vartoti skausmą malšinančių vaistų. Iškart skauda gerklę, žandikaulį ir kaklą. Gerklės skausmas gali išlikti vieną ar dvi savaites.
Adenoidai yra limfinis audinys, esantis tiesiai virš tonzilių ir dažnai užsikrečia kartu su tonzilėmis. Kai kartu su tonzilitu pasireiškia dažnas ir nuolatinis adenoiditas, jie taip pat gali būti pašalinti per tonzilektomiją. Abiejų ekstrakcijų chirurginė procedūra yra tokia pati, o papildomas adenoidų pašalinimas paprastai tik pailgina operaciją maždaug 30 minučių.