Žmogaus kūne gyvena kelių rūšių žarnyno bakterijos, kai kurios iš jų yra naudingos virškinimo procesui, o kitos gali būti žalingos, ypač kai jų yra daug. Probiotikai yra naudingos žarnyno bakterijų formos, kaip ir kai kurios E. coli padermės ir kai kurios Streptococcus formos. Kenksmingos bakterijų rūšys yra H. pylori, Salmonella ir kai kurios E. coli padermės. Bet kokius individualius klausimus, susijusius su žarnyno bakterijomis, reikia aptarti su gydytoju ar kitu medicinos specialistu.
Probiotikai, tokie kaip Lactobacillus ir Bifidobacteria, yra natūraliai pasitaikančios naudingų žarnyno bakterijų rūšys. Liga ar netinkami mitybos įpročiai gali sutrikdyti sveikų ir nesveikų bakterijų pusiausvyrą žarnyno trakte. Dėl šios priežasties probiotikų papildai tapo vis populiaresniu būdu, padedančiu atkurti natūralią žarnyno bakterijų pusiausvyrą. Šiuos papildus galima įsigyti daugumoje vaistinių ir jiems nereikia gydytojo recepto, nors visada protinga pasitarti su gydytoju prieš pradedant vartoti bet kokį maisto papildą.
Salmonella yra kenksmingų žarnyno bakterijų rūšis, kuri paprastai patenka į organizmą apsinuodijus maistu. Pilvo spazmai, karščiavimas ir viduriavimas yra įprasti apsinuodijimo salmonelėmis simptomai. Daugeliu atvejų simptomai išnyksta savaime per kelias dienas, nors kartais gali prireikti medicininės intervencijos. Sunkūs salmonelių atvejai gali sukelti sunkią ligą ar net mirtį, todėl apie visus įtariamus apsinuodijimo salmonelėmis simptomus reikia pranešti gydytojui, kad jis atliktų tolesnį medicininį įvertinimą.
Kai kurios E. coli bakterijų padermės iš tikrųjų padeda palaikyti sveiką virškinamąjį traktą, o kitos padermės gali sukelti vidutinio sunkumo ar sunkią ligą. Šio tipo kenksmingų žarnyno bakterijų šaltiniai yra nepakankamai termiškai apdorota mėsa ir produktai, kurie liečiasi su užterštomis išmatomis. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys apsinuodijimo E. coli simptomai yra skausmingi žarnyno spazmai, kruvinas viduriavimas ir karščiavimas. Daugeliu atvejų simptomai išnyksta per porą savaičių be medicininės intervencijos, nors gali kilti ir mirtinų komplikacijų.
Listeria yra kenksmingų žarnyno bakterijų rūšis, kurios kartais randamos vandenyje ar dirvožemyje ir gali užkrėsti beveik bet kokį maisto produktą. Apsinuodijimo listeria simptomai dažnai prasideda kaip į gripą panašūs simptomai, tokie kaip karščiavimas ir nuovargis. Vėliau gali padidėti širdis, kepenys, blužnis, pacientas gali sunkiai susirgti, dažnai jį reikia hospitalizuoti. Nėščios moterys yra ypač jautrios tokio tipo bakterinėms infekcijoms, ypač kai vartoja nepakankamai termiškai apdorotą mėsą arba nepakankamai apdorotą pieną ar produktus.