Nors tarp meditacijos ir hipnozės yra daug skirtumų, vienas iš pagrindinių skirtumų yra tas, kad meditacija dažnai yra vidinė funkcija, o hipnozė dažniausiai kyla iš išorinio šaltinio. Nors savihipnozė yra įmanoma, tai paprastai atsiranda sutelkus dėmesį į išorinį objektą ar mintį, o meditacija dažnai naudojama norint išvalyti protą nuo visų išorinių ir vidinių minčių. Tiek meditacija, tiek hipnozė yra metodai, kuriais žmogus gali patekti į skirtingą proto ar sąmonės būseną, tačiau kiekvieno metodo tikslai ir tikslas paprastai yra gana skirtingi.
Lengviausia suprasti skirtumą tarp meditacijos ir hipnozės aiškiai suvokus, ką reiškia kiekvienas terminas. Meditacija yra sąmonės būsena, kai protas yra laisvas nuo visų minčių ir blaškymosi, vieni ją naudoja kaip atsipalaidavimo priemonę, o kiti – kaip metodą, kuriuo bando pasiekti „aukštesnę“ būties būseną. Kita vertus, hipnozė yra ne minties nebuvimas, o proto būsena, kai visos mintys nukreiptos į vieną tikslą. Nors tai gali būti nukreipta į tam tikrą „tuščio lapo“ sąmonę, tokiu atveju meditacija ir hipnozė gali būti gana panašios, ji taip pat gali būti nukreipta į tam tikrą tikslą ar idėją.
Meditacija ir hipnozė gali būti naudojamos tiek atsipalaidavimui, tiek streso pašalinimui iš žmogaus gyvenimo, bet gali būti naudojamos ir kitais tikslais. Be atsipalaidavimo, meditaciją dažnai naudoja budizmo ar panašių religijų ir filosofijų šalininkai. Šiuose kontekstuose meditacija naudojama norint išvalyti protą nuo išorinio blaškymosi, leidžiant žmogui paleisti savo tapatybę ir veikti fizinėje visatoje. Tai yra priemonė, padedanti asmeniui pasiekti aukštesnę sąmonės būseną, kuri naudojama padėti asmeniui judėti tam tikro budizmo tikslo link.
Nors ir meditacija, ir hipnozė gali būti naudojamos norint išvalyti mintis, hipnozė dažnai naudojama ir kitiems tikslams. Vienas iš pagrindinių meditacijos ir hipnozės skirtumų yra tas, kad hipnozė gali būti naudojama tam, kad žmogus galėtų sutelkti savo mintis į konkretų tikslą ar idėją. Kažkas, kuris yra giliai susimąstęs, svarsto, pavyzdžiui, problemos sprendimą ir nesupranta jį supančio pasaulio, yra savihipnozės būsenoje. Hipnozė gali būti naudojama siekiant padėti žmogui susidoroti su savo gyvenimo problemomis ir padėti žmogui susitelkti ties konkrečia užduotimi.