Dauguma kiaušidžių cistų išnyksta savaime, todėl operacijos nereikia. Tie, kuriems reikia chirurginio pašalinimo, dažniausiai yra dideli, vėžiniai, labai skausmingi arba kieti. Operacijos metu bus daromas pjūvis, pašalinta cista ir, jei įtariamas vėžys, tiriami audiniai. Sričiai uždaryti bus naudojamos kabės arba siūlės, o skausmą malšinantys vaistai bus pasiūlyti pilvo diskomfortui, kuris paprastai atsiranda dėl šio gydymo, gydyti. Nors kiaušidžių cistos operacija paprastai užtrunka tik kelias valandas, buvimas ligoninėje paprastai trunka mažiausiai tris dienas, o po to atsigauna iki keturių savaičių.
Toks kiaušidžių cistų gydymas paprastai yra paskutinė išeitis, nes yra rizika, susijusi su bet kokia operacija, nors ji vis dar gana reta. Pacientams gali kilti komplikacijų, tokių kaip gausus kraujavimas, infekcija, nevaisingumas, kraujo krešuliai ir poreikis pašalinti kiaušides, todėl kiaušidžių cistos operacija paprastai nėra pirmasis gydymo būdas. Prieš planuodami operaciją, dauguma gydytojų atlieka fizinį egzaminą, ultragarsą, kompiuterinę tomografiją ir šlapimo bei kraujo tyrimus, kad būtų galima paminėti keletą bendrų būtinų patikrinimų. Be to, reikia laikinai nutraukti kraują skystinančių ir priešuždegiminių vaistų, tokių kaip aspirinas, vartojimą, nes jie gali sukelti neigiamą poveikį po kiaušidžių cistos operacijos.
Dauguma gydytojų naudoja bendrąją nejautrą, kad užblokuotų operacijos skausmą, o vėliau pjauna pilvą. Pirmiausia toje srityje atskiriami raumenys, o tada kraujagyslės pašalinamos, kad gydytojas galėtų pašalinti cistą. Jei įtariamas vėžys, kai kurie audiniai taip pat gali būti pašalinti, kad būtų galima jį ištirti. Tada pilvo raumenys paprastai susiuvami, o pradinis pjūvis paprastai uždaromas kabėmis arba dygsniais. Galiausiai iškart po kiaušidžių cistos operacijos į veną suleidžiami skysčiai ir vaistai.
Nors pilvo skausmas turėtų išnykti maždaug per dešimt dienų, atsigavimo laikotarpis gali užtrukti iki keturių savaičių. Per tą laiką pjūvį reikia reguliariai valyti muilu ir vandeniu, o kojas, kaip įprasta, atsargiai judinti, kad nesusidarytų kraujo krešulių. Daugeliu atvejų pacientai gali grįžti prie įprastos rutinos, kai jaučiasi pasiruošę, nors įtemptos veiklos reikėtų vengti iki šešių savaičių. Dauguma gydytojų informuoja savo pacientes, kai jos visiškai pasveiksta po kiaušidžių cistos operacijos ir gali grįžti prie įprastos veiklos.