Atsparumas antivirusiniams vaistams atsiranda tada, kai viruso nebegali sunaikinti prieš jį vartojami vaistai. Šis atsparumas yra natūralus viruso išgyvenimo mechanizmas, priverstinė evoliucija, kurią sukelia spontaniška mutacija, kuri vėliau perduodama vėlesnėms kartoms. Atsparumas antivirusiniams vaistams yra nuolatinė medicinos problema, todėl gydytojai turi būti apdairūs ir kūrybingi, neatsilikdami nuo besivystančių padermių.
Atsparumas antivirusiniams vaistams iš pradžių atsiranda dėl spontaniškų mutacijų, kurios leidžia daugeliui virusų išgyventi dėl vaistų poveikio. Tada ši mutacija perduodama kitoms kartoms. Yra keletas būdų, kaip dėl mutacijos virusas tampa atsparus. Dėl mutacijos virusas gali sukurti inhibitorių, kuris modifikuoja arba inaktyvuoja patį vaistą. Virusas gali pakeisti vietos, kurioje vaistas paprastai prisijungtų prie jo, konfigūraciją, kad būtų sunaikintas, todėl vaistas negalės prisijungti prie jo ir jo užpulti.
Viruso metabolizmo kelias gali būti pakeistas, todėl jis gali rasti alternatyvių būdų užkrėsti šeimininką, kad specialiai sukurtas vaistas taptų neveiksmingas. Galiausiai, viruso pralaidumas gali sumažėti, todėl sumažėja vaisto gebėjimas kauptis pakankamai dideliais kiekiais, kad jį įveiktų. Kadangi šios savybės perduodamos iš kartos viruso kartoms, atsiranda vaistams atspari padermė. Viruso padermės gali tapti atsparios vienam ar keliems vaistams, todėl gali atsirasti superbakterijų.
Atsparumas antivirusiniams vaistams yra didelė problema, nes dėl to gydytojams daug sunkiau veiksmingai kovoti su virusais. Virusai, kuriuos kažkada buvo galima išgydyti, staiga tampa nebegydomi, o medikų bendruomenė sunkiai stengiasi neatsilikti. Esant tokioms sąlygoms kaip ŽIV, tuberkuliozė ir gripas, reikia nuolat tirti ir kurti naujus pavienius ir kombinuotus vaistus, kad liga būtų kontroliuojama. Netgi tokie virusai kaip stafilokokas, kuris buvo lengvai gydomas, sukūrė atsparių padermių. Tai turi reikšmingų pasekmių tiek pacientams, kurių imunitetas susilpnėjęs, tiek galimoms pandemijomis, turinčiomis atsparumą antivirusiniams vaistams.
Atsparių virusų padermių atsiradimą daugiausia sukelia per didelis antibiotikų ir antimikrobinių medžiagų skyrimas ligoms, su kuriomis pacientas galėtų kovoti natūraliai. Šie vaistai taip pat dažnai vartojami neatsakingai, pacientai nustoja vartoti vaistus prieš išgėrę visą paskirtą kursą. Dėl to kai kurie virusai išgyvena ir tampa atsparūs. Taip pat kaltinamas per didelis buitinių valymo priemonių naudojimas, nes įprasti virusai nuolat susiduria su produktais, tačiau jie ne visada žūva, todėl padermės gali sukurti atsparumą.
Su antivirusiniu atsparumu kovojama apdairiai ir taupiai skiriant vaistus gydytojams ir griežtai rekomenduojant pacientams išgerti visą jiems skirtų vaistų kursą. Gydant infekcijas, tokias kaip ŽIV, taip pat naudojami keli vaistai vienu metu, tikintis, kad virusas netaps atsparus visoms, nors taip nutinka. Galiausiai naudojama fagų terapija, kai bakteriofagai išleidžiami į pacientą, kad sunaudotų ir sunaikintų virusą.