Nors atliekant laparoskopinę operaciją audiniai pažeidžiami mažiau nei atliekant atvirą operaciją, kaip ir bet kuriai chirurginei procedūrai, yra komplikacijų rizika. Nors daugelis šių komplikacijų yra nedidelės ir lengvai išsprendžiamos, jų pasitaiko 1-5 proc. visų laparoskopinių operacijų, o mirtingumas dėl laparoskopijos komplikacijų yra apie 0.05 proc. Kai kurios dažniausiai pasitaikančios komplikacijos kyla dėl nepageidaujamos reakcijos į anesteziją, kuri gali apimti kvėpavimo takų komplikacijas ir širdies aritmiją. Kitos dažnos laparoskopijos komplikacijos yra infekcija, pneumonija, bronchitas, gausus kraujavimas ir rando audinio susidarymas. Šios komplikacijos gali atsirasti po atviros operacijos arba laparoskopinės operacijos, tačiau po laparoskopijos jos yra retesnės.
Laparoskopinė operacija gali sukelti žarnyno, pilvo organų, venų ir arterijų sužalojimą. Nepatyrę chirurgai gali netyčia perforuoti žarnas ar kitas virškinamojo trakto dalis ilgais smailiais chirurginiais instrumentais, kuriuos naudoja. Nors šie sužalojimai yra nedažni, jie gali sukelti potencialiai pavojingą būklę, vadinamą peritonitu, kuris yra pilvaplėvės uždegimas. Kai kuriais atvejais būtina atlikti tolesnę operaciją naudojant didesnį pjūvį, siekiant atstatyti pažeistą audinį arba sustabdyti kraujavimą.
Pacientai taip pat gali patirti nepastebimų elektros nudegimų, kuriuos sukelia elektrodai, kurie perduoda srovę į aplinkinius audinius. Šie nudegimai gali sukelti peritonitą. Aktyvus elektrodų stebėjimas pašalina netyčinio vidinio elektros nudegimo riziką.
Pacientams, kuriems yra kraujo krešėjimo sutrikimų arba dėl ankstesnių operacijų atsirado randų, yra didesnė laparoskopijos komplikacijų rizika. Didesnė rizika taip pat yra pacientams, kurių kūno masės indeksas yra mažesnis nei vidutinis. Dėl šių veiksnių jų chirurgai gali nuspręsti atlikti atvirą operaciją.
Anglies dioksido dujos, kurios naudojamos pilvo ertmei išpūsti operacijos metu, taip pat gali sukelti laparoskopijos komplikacijų. Šaltos, sausos dujos gali sukelti hipotermiją ir pilvaplėvės traumą. Ši rizika sumažinama drėkinant ir šildant anglies dioksido dujas.
Kvėpavimo sutrikimų turintys pacientai gali netoleruoti pilvo ertmės išsiplėtimo naudojant anglies dioksidą, todėl gali prireikti atviros operacijos. Dar vieną komplikaciją sukelia anglies dioksido dujos, likusios pilvo ertmėje po operacijos. Dujų kišenė gali pakilti pilvo srityje ir prispausti diafragmą ir sukelti skausmą pacientui kvėpuojant. Paprastai tai yra laikina būklė, palengvėjusi, kai kūno audiniai sugeria dujų perteklių.
Pjūvio žarnos išvarža yra dar viena galimai rimta laparoskopijos komplikacija, atsirandanti netinkamai uždarius didesnius nei 0.4 colio (10 mm) prievadus, naudojamus chirurginiams instrumentams įvesti operacijos metu. Labai svarbu, kad skydas būtų tinkamai uždarytas. Žarnyno išvaržos simptomai yra protarpinis pykinimas ir vėmimas.
Infekcija yra dar viena dažna laparoskopijos komplikacija. Infekcijos atveju paprastai skiriamas antibiotikas. Siekiant išvengti laparoskopijos komplikacijų, kai kurie chirurgai prieš operaciją skiria antibiotikų, kai dėl nepakankamo paciento imuninio atsako yra padidėjusi infekcijos rizika.