Laikina ileostomija naudojama žarnyno turiniui nukreipti nuo žarnyno dalies, kuriai galėjo prireikti išgydyti, pavyzdžiui, po vėžio pašalinimo operacijos. Dalis plonosios žarnos arba klubinės žarnos bus iškelta į paviršių ir atidaryta ant odos per skylę, vadinamą stoma, todėl atliekas bus galima surinkti į maišelį. Atėjus laikui žarnynui vėl sujungti, procedūra skirsis priklausomai nuo iš pradžių sukurtos ileostomijos tipo. Paprastas kilpinės ileostomijos pašalinimas gali apimti du atvirus žarnyno galus nupjauti nuo odos, juos susiūti ir grąžinti į pilvą. Galinės ileostomijos pašalinimas yra sudėtingesnis, nes atskyrus vieną žarnos gabalėlį nuo stomos, jį reikia sujungti su žarnos gabalėliu, esančiu pilvo viduje, todėl reikia atlikti pilvo pjūvį arba rakto skylutės operaciją.
Pacientams, kuriems buvo atlikta kilpinė ileostomija, plonosios žarnos kilpa bus ištraukta per skylę pilve ir perpjauta per pusę, o du nupjauti galai atsidarys per stomą. Ileostomijos pašalinimo procedūra gali būti atliekama tik tada, kai žarnynas visiškai sugijęs ir tinkamai funkcionuoja sfinkterio raumenys, kontroliuojantys išmatų pašalinimą iš kūno. Savaitėmis prieš operaciją pacientai gali atlikti pratimus, kad tonuotų išangės sfinkterio raumenis. Norint, kad patinimas ir randų audinys nusistovėtų, ileostomijos pašalinimas paprastai negali būti atliktas praėjus maždaug devynioms savaitėms po pirminės operacijos.
Norint atlikti tikrąjį ileostomijos pašalinimą, reikia mažiau nei valandos, tačiau gali prireikti likti ligoninėje iki penkių dienų. Paprastai dieną prieš operaciją leidžiama gerti tik skysčius, o po vidurnakčio – nieko. Chirurgas perpjauna odą ir žemyn į pilvą, padarydamas apskritą pjūvį, kuris eina aplink stomą. Tada abu žarnyno galai susegiami arba susiuvami ir įdedami atgal į pilvo ertmę, o pilvo odoje lieka tik nedidelė žaizdelė. Po procedūros normalu iš pradžių vartoti tik skysčius, o kitą dieną po operacijos lėtai pereina į kietus.
Pacientams, kuriems buvo atlikta ileostomija, paprastai ligoninėje reikia praleisti daugiau dienų, galbūt iki dešimties, o pasveikimas paprastai užtrunka ilgiau. Ileostomijos pašalinimo operacija gali apimti pilvo pjūvio atnaujinimą nuo pradinės operacijos, kad būtų pasiektas vienas žarnos galas. Tada jis gali būti prijungtas prie kito žarnyno galo, kuris buvo atskirtas nuo stomos. Kartais galinę ileostomiją galima pakeisti naudojant laparoskopinę arba rakto skylutės chirurgijos metodus.