Nors pagrindinis pantoprazolo natrio druskos naudojimas yra virškinimo trakto opoms gydyti, tyrimais nustatyta, kad jis turi daug kitų veiksmingų panaudojimo būdų. Kitas vaisto vartojimo būdas yra gastroezofaginio refliukso ligai gydyti, taip pat eroziniam ezofagitui, kuris dažniausiai pasireiškia tada, kai negydomi gastroezofaginio refliukso ligos simptomai. Be to, buvo nustatyta, kad šis vaistas padeda tiems, kurie kenčia nuo lėtinių ligų, susijusių su skrandžio rūgšties pertekliumi.
Vienas iš dažniausiai naudojamų pantoprazolo natrio druskos yra virškinimo trakto opoms gydyti. Nustatyta, kad pantoprazolo natrio druska yra veiksminga gydant šią būklę, nes gali sumažinti skrandžio rūgštingumą, todėl opos gyja ilgiau. Be to, buvo nustatyta, kad šis vaistas yra veiksmingas tolesnių skrandžio opų prevencijai, todėl jis yra puikus pasirinkimas asmenims, kuriems negali būti taikomos agresyvios ligos gydymo formos.
Pantoprazolo natrio druska taip pat buvo labai veiksminga gydant bakterines infekcijas. Tačiau tyrimais nustatyta, kad vaistas yra veiksmingiausias, kai jis vartojamas infekcijoms, susijusioms su Helicobacter pylori bakterijomis, gydyti. Daugeliu atvejų šios infekcijos atsiranda virškinimo trakte ir yra gana rimtos, kai jos negydomos. Dažnai pacientai, kuriems buvo paskirtas natrio pantoprazolis bakterinės infekcijos gydymui, taip pat turi vartoti probiotikų, kad būtų užtikrintas tinkamas virškinimo trakto veikimas.
Tie, kuriems buvo diagnozuota gastroezofaginio refliukso liga, kitaip vadinama GERL, taip pat gali palengvėti vartodami pantoprazolo natrio druską. GERL yra būklė, kai rūgštys iš skrandžio grįžta į stemplę, sukelia rėmenį ir kitus skausmingus simptomus. Jei GERL negydoma, gali išsivystyti erozinis ezofagitas, kuris yra būklė, kai stemplės gleivinė buvo pažeista dėl pakartotinio skrandžio rūgšties poveikio.
Pantoprazolo natrio druska taip pat buvo veiksminga gydymo forma tiems, kurie kenčia nuo ligų, dėl kurių padidėja skrandžio rūgšties gamyba. Daugeliu atvejų tie, kurie šiuo tikslu vartoja pantoprazolo natrio druską, gali vartoti vaistus ilgą laiką, jei ne visą gyvenimą. Paprastai šiems pacientams skiriama labai maža vaisto dozė, kad būtų išvengta toksinių medžiagų susidarymo.