Gliukozamino chondroitino šalutinis poveikis yra gana retas ir paprastai būna lengvas, kai jis pasireiškia, nors apie visus neigiamus simptomus, atsirandančius po šio vaisto vartojimo, reikia pranešti gydytojui, kad jis atliktų tolesnį medicininį įvertinimą. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys gliukozamino chondroitino šalutiniai poveikiai yra virškinimo trakto sutrikimai, galvos svaigimas ir galvos skausmas. Vartojant šį priedą, cukriniu diabetu sergantiems pacientams gali padidėti cukraus kiekis kraujyje. Kai kurie sunkesni galimi šalutiniai poveikiai yra širdies plakimas, patinimas ar kvėpavimo sutrikimas. Bet kokius konkrečius klausimus ar rūpesčius dėl galimo gliukozamino chondroitino šalutinio poveikio konkrečioje situacijoje reikia aptarti su gydytoju ar kitu medicinos specialistu.
Virškinimo trakto sutrikimai yra vienas iš dažniausiai pasitaikančių gliukozamino chondroitino šalutinių poveikių. Gali pasireikšti lengvas ar vidutinio sunkumo pykinimas, su vėmimu arba be jo. Šio vaisto vartojimas su maistu ar pienu gali padėti sumažinti šio simptomo sunkumą. Kai kurie žmonės, vartojantys šį maisto papildą, gali patirti viduriavimą, vidurių užkietėjimą arba kintančius abiejų priepuolius. Vartojantys šį vaistą taip pat pranešė apie rėmenį, pilvo pūtimą ir padidėjusį vidurių pūtimą.
Galvos skausmas, galvos svaigimas ir mieguistumas yra galimas gliukozamino chondroitino šalutinis poveikis. Pacientams, sergantiems cukriniu diabetu, kartais gali pasireikšti didelis cukraus kiekis kraujyje, vadinamas hiperglikemija. Pacientai, sergantys kvėpavimo takų ligomis, pvz., astma, vartodami šį vaistą gali pastebėti simptomų padidėjimą. Nors dauguma šių šalutinių poveikių paprastai būna lengvi, bet kokius nuolatinius ar varginančius simptomus reikia aptarti su gydytoju.
Rimtesnis gliukozamino chondroitino šalutinis poveikis, apie kurį reikia nedelsiant pranešti gydytojui, yra krūtinės skausmas, pasunkėjęs kvėpavimas arba didelis plaukų slinkimas. Taip pat reikia nedelsiant pranešti apie rankų ir kojų patinimą, nes tai gali būti sutrikusios inkstų funkcijos požymis. Veido patinimas, ypač kartu su kvėpavimo sutrikimais ar rijimo pasunkėjimu, gali rodyti gyvybei pavojingą alerginę reakciją, vadinamą anafilaksija. Pilvo skausmas, panašus į rūgšties refliuksą, turi būti įvertintas, siekiant įsitikinti, kad nėra rimtų virškinimo komplikacijų.
Kai kurie žmonės gali negalėti saugiai naudoti gliukozamino chondroitino papildų. Jei šie pacientai nusprendžia vartoti šį priedą, rekomenduojama atidžiai stebėti gydytoją. Tie, kurie vartoja vaistus, pvz., kraują skystinančius vaistus, arba kuriems yra buvę kraujavimo sutrikimų, vartodami šį priedą turėtų būti labai atsargūs. Pacientai, kurie yra alergiški vėžiagyviams, turėtų vengti naudoti šį produktą, nes jis paprastai gaminamas iš šių jūros būtybių kiautų. Nėščioms ir žindančioms moterims paprastai patariama vengti šio vaisto.