Yra trys pagrindiniai skirtumai tarp tradicinės ir alternatyviosios medicinos sričių. Tradicinė medicina visų pirma remiasi veiksmingumo tyrimais, kuriais grindžiamas gydymas, palyginti su alternatyviais gydymo būdais, kuriems paprastai nereikia aukšto lygio mokslinio įrodymo. Alternatyvūs gydytojai paprastai žiūri į visą paciento sveikatą kaip į gydymo pagrindą, o įprasti medicinos specialistai dažnai žiūri tik į probleminę kūno sritį. Išsilavinimo kvalifikacija ir licencijavimo standartai taip pat gali būti griežtesni įprastiems gydytojams, palyginti su alternatyviais gydytojais.
Tradicinė medicina dar vadinama moksline medicina dėl būdų, kaip gydytojai parenka pacientui tinkamą gydymą. Įprastinės medicinos pagrindas yra klinikiniai tyrimai, kuriuose nagrinėjami žmonės, turintys tam tikrų problemų ir kaip jiems naudingas tam tikras gydymas. Šis metodas, kuriuo tikrinama, ar gydymas veikia ir kaip jis veikia, leidžia gydytojams atsisakyti neveiksmingų gydymo būdų ir taikyti pacientui naudingesnius gydymo būdus. Tradicinė ir alternatyvi medicina skiriasi tuo, kad nors alternatyvūs gydytojai gali atlikti klinikinių tyrimų procesą, tai nėra esminė gydymo metodo pasirinkimo proceso dalis.
Tradicinės medicinos praktikos pavyzdžiai yra chemoterapija, operacijos ir vakcinacijos. Alternatyvūs gydymo būdai yra akupunktūra, homeopatija ir žolininkystė. Alternatyvūs gydymo būdai techniškai yra tie, kuriuos žmonės pasirenka taikyti vietoj įprasto gydymo, o papildomi gydymo būdai yra tie, kuriuos pacientai pasirenka ir tradicinį gydymą.
Viena iš priežasčių, kodėl žmogus gali žiūrėti į tradicinę ir alternatyviąją mediciną ir pasirinkti pastarąją, yra ta, kad gydytojai linkę pirmiausia žiūrėti į problemos vietą kūne ir gali nepaisyti likusios kūno dalies. Alternatyvūs gydytojai paprastai stengiasi visapusiškai gydyti visą kūną. Tai gali geriau derėti prie dvasinio ar filosofinio požiūrio į ligą ir taip pat gali suteikti pacientui jausmą, kad jis labiau kontroliuoja savo kūną, palyginti su galimai autoritariškesniu tradicinės medicinos specialisto požiūriu. Tradicinės ir alternatyviosios medicinos specialistai taip pat gali labai nesutarti dėl ligų priežasčių, o įprasti gydytojai daugiausia dėmesio skiria moksliniams tyrimams, o alternatyvūs gydytojai gali dirbti su tokia koncepcija kaip energijos laukai arba netinkamai suderintos skeleto struktūros.
Paprastai, jei alternatyvi medicina veikia efektyviai ir gali sėkmingai pereiti klinikinių tyrimų procesą, ji tampa tradicinės medicinos dalimi. Pavyzdys yra medicininė marihuana, kuri, nors ir turi vietą tradicinėje vaistažolių medicinoje, nebuvo patvirtinta, kol nepraėjo klinikinių tyrimų ir tapo plačiau pripažinta tradicinėje medicinoje. Kadangi tradicinės medicinos specialistai yra atsargūs dėl naujų gydymo būdų, kol nebus įrodyta, kad jie yra saugūs ir veiksmingi, gydytojai linkę pasitikėti tradiciniais vaistais, o ne alternatyviais gydymo būdais. Galimi alternatyvių gydymo būdų pavojai yra apsinuodijimas ar kūno sužalojimas arba, jei gydymas visai neveikia, pacientas gali patirti negrįžtamą žalą, kurios galbūt būtų buvę galima išvengti greitu tradiciniu gydymu. Paprastai įprastų pasirinkimų rizika yra gerai žinoma, kaip ir nauda.
Kadangi alternatyviosios medicinos srityje yra tiek daug skirtingų praktikų, kurios dažnai nėra pagrįstos gydymu, kuris atlaiko klinikinių tyrimų griežtumą, vyriausybinių institucijų vykdomas šios srities reglamentavimas gali būti žemesnis nei įprastiniai gydytojai. Paprastai gydytojas arba slaugytojas, dirbantis tradicinėje medicinos sistemoje, turi įgyti aukšto lygio išsilavinimą ir įgyti licenciją, kad galėtų verstis medicinos praktika, o alternatyvus gydytojas gali visiškai nesilaikyti vyriausybės standartų, o laikytis nustatytų gairių. pramonės įstaiga.