Skydliaukės vaistų šalutinis poveikis gali pasireikšti, kai pacientas vartoja per daug arba nepakankamai, todėl gali padidėti skydliaukės hormonų kiekis. Taip pat gali kilti susirūpinimas dėl sąveikos su kitais maisto produktais ar dietiniais komponentais, tokiais kaip jodas. Tikslus šalutinis poveikis gali priklausyti nuo vaistų ir skydliaukės hormonų koncentracijos organizme, bet gali būti galvos skausmas, bloga termoreguliacija, svorio pokyčiai ir nuovargis. Pacientai turėtų aptarti šalutinį poveikį su savo medicinos paslaugų teikėjais, nes jie gali reikšti, kad vaistas neveikia taip, kaip numatyta.
Žmonės, kurie negamina pakankamai skydliaukės hormonų, turi vartoti sintetinį vaistą, kad pakeistų šios liaukos funkciją. Nors jie turi žemą hormonų kiekį, jie gali turėti tokius simptomus kaip raumenų skausmai, didelis nuovargis ir vidurių užkietėjimas. Jie gali išlikti, kol skydliaukės vaistų dozė lėtai koreguojama, kad būtų nustatytas veiksmingumo taškas. Pacientai gali praleisti savaites ar mėnesius, kad priprastų prie vaistų, per kuriuos jie reguliariai lankosi stebėjimo susitikimuose, kad sužinotų, ar jiems reikia didesnių dozių.
Pacientui išgėrus reikiamą dozę, šalutinis poveikis turėtų išnykti, nes organizmas gauna reikiamo hormono. Jei koncentracija pakyla per didelė, žmonės gali pastebėti skydliaukės vaistų šalutinį poveikį, pavyzdžiui, svorio mažėjimą, nekontroliuojamą drebėjimą, viduriavimą ir prakaitavimą. Kai kurie pacientai jaučia nervingumą ar susijaudinimą kartu su nemiga. Šie simptomai gali išlikti tol, kol hormonų lygis bus tinkamai subalansuotas sumažinus dozę arba pašalinus vaistų sąveiką.
Kalbant rimčiau, skydliaukės vaistai gali sukelti krūtinės skausmą, bėrimus, aritmijas ir širdies plakimą. Tai gali kelti ypatingą pavojų žmonėms, sergantiems vainikinių arterijų liga ar kitomis širdies ligomis, todėl, jei jos atsiranda, apie tai reikia pranešti gydytojui. Skydliaukės vaistų dozę galima koreguoti, kad lygis sumažėtų ir būtų tinkamesnis naudoti ateityje. Taip užtikrinama, kad pacientas gautų pakankamai vaistų, pakeičiančių skydliaukės funkciją, nesusikaupdamas per daug ir gali patirti neigiamų komplikacijų.
Kai rekomenduojama vartoti šį vaistą, pacientai turi jį vartoti tol, kol bus išspręsta pagrindinė problema arba visą gyvenimą, jei skydliaukė yra visam laikui pažeista arba pašalinta. Gydymo skydliaukės vaistais metu pacientai turi reguliariai lankytis pas gydytoją, kad gydytojas galėtų patikrinti kiekį. Tai gali nustatyti padidėjusį hormonų kiekį prieš tai, kai jis sukelia rimtų šalutinių poveikių, todėl gydytojas gali iš anksto pakoreguoti dozę, kad išvengtų diskomforto.