El. prekybos paslaugos yra tokios pat įvairios ir daugybės, kaip ir įprastose mažmeninės prekybos parduotuvėse. Vartotojų norai ir poreikiai yra abiejų prekybos rūšių židiniai; laimingi vartotojai virsta dideliais pardavimais ir didesniu pelnu. El. prekybos paslaugos apima klientų mokėjimo ir pristatymo parinktis, taip pat prekybininkų verslo valdymo ir reklamavimo galimybes.
Klientų patogumui el. prekybos mokėjimo pasirinkimai dažnai apima daugiau alternatyvų nei pirkimas neprisijungus. Be mokėjimų čekiais, pinigų perlaidomis, kredito kortelėmis ir debeto kortelėmis, el. prekybos svetainės dažnai priima lėšų pervedimus iš internetinių mokėjimo sistemų. Šios sistemos suteikia vartotojams internetinę sąskaitą, kuri saugiai priima indėlius ir leidžia greitai, saugiai ir lengvai apdoroti mokėjimus, norint pirkti prekes ir paslaugas internetu. Mokesčiai už sandorius paprastai yra minimalūs arba vartotojui nemokami. Internetinės mokėjimo sistemos gali pasiūlyti nemokamą apdorojimą, nes jos gauna naudos iš kitų paslaugų, teikiamų jų svetainėse arba per paslaugų ir produktų nuorodas.
Kitas mokėjimo būdas, kurio nėra įprastose mažmeninės prekybos parduotuvėse, yra atidėtas mokėjimas. El. prekybos paslaugos kartais siūlo pirkti dabar, mokėti vėliau už nedidelį mokestį. Pirkėjas sutinka su mokėjimo sąlygomis ir pateikia kredito ar debeto kortelės numerį arba banko sąskaitos informaciją, kurią pardavėjas galėtų pasiekti vėliau.
Siekiant suteikti saugumo jausmą ir įgyti klientų pasitikėjimą, dauguma el. prekybos svetainių garantuoja klientų asmeninės informacijos, pvz., kredito kortelių ir banko sąskaitų numerių, socialinio draudimo numerių, adresų ir telefono numerių, apsaugą. Trečiųjų šalių įmonės teikia šias paslaugas šifruodamos neskelbtiną informaciją. Šis kodavimas padeda išvengti tapatybės vagystės ir privatumo pažeidimo.
Be saugių mokėjimo būdų, mažmenininkai reguliariai siūlo ir kitas el. prekybos paslaugų parinktis, kad patiktų savo klientams. Lengvas naršymas svetainėje dažnai yra pagrindinis klientų prioritetas, o po to apsigalvoti apsipirkimo proceso metu. El. prekybos paslaugos gali suteikti vienu spustelėjimu parinktis, leidžiančias pakeisti užsakymų kiekį, dydžius, spalvas ir stilius, taip pat ištirti ir keisti pristatymo parinktis.
Prekybininkas taip pat gali pasirinkti el. prekybos paslaugas, kad įvertintų svetainės pažangą ir problemas bei įtrauktų sprendimus arba atnaujintų vartotojų galimybes. Tai apima atsargų stebėjimą, kryžminio pardavimo piktogramas ir nuorodas, pranešimus apie užsakymus ir pristatymą klientams ir automatinius pranešimus, skirtus susisiekti su klientais, siekiant įvertinti jų pasitenkinimą ir pasiūlyti papildomų produktų ar paslaugų. Išplėstinės funkcijos dažnai apima paieškos funkciją, leidžiančią rasti konkrečius elementus svetainėje, ir nuorodas į kainų ir pavadinimo prekių ženklų palyginimo svetaines. Šios parinktys dažniausiai siūlomos kaip pirkinių krepšelio programinės įrangos dalis, kurią naudoja prekybininkas arba žiniatinklio valdytojas, kad svetainė taptų perspektyviu mažmeninės prekybos subjektu.