Pagrindinė antikūnų struktūra yra Y formos baltymo molekulė, turinti dvi sunkiąsias ir dvi lengvas polipeptidines grandines. Galima vizualizuoti Y antikūno struktūrą, suskirstytą kaip V, stovinčią ant mažosios L raidės su linija, esančia bet kuriame išoriniame krašte ir lygiagrečiai V raidei. Mažoji L raidė, žinoma kaip antikūno Fc sritis, apima dvi sunkias polipeptidines grandines. , kurios kyla aukštyn ir sudaro V arba Fab sritį. Vidinės V linijos yra sunkiųjų grandinių galai, o išorinės linijos yra lengvosios polipeptidinės grandinės.
Antikūnas arba imunoglobulinas yra baltymas, kurį gamina organizmo plazmos ląstelės. Organizmo imuninė sistema naudoja antikūnus, kad atpažintų antigenus, esančius priešiškuose svetimkūniuose, tokiuose kaip bakterijos ir virusai, ir juos pašalintų. Kiekvienas antikūnas gaminamas reaguojant į specifinį antigeną, randamą ant svetimų įsibrovėlių.
Kalbant apie antikūnų struktūrą, abiejų grandinių rinkinių Fab regione viršutiniai galai yra žinomi kaip antigeno surišimo vieta. Šios surišimo vietos yra ta sritis, kurioje didžiausias skirtumas tarp bet kurių dviejų tipų antikūnų. Taip yra todėl, kad antikūnas naudos surišimo vietas, kad prisitvirtintų prie antigeno, kuriam jis buvo skirtas.
Žinduolių lengvųjų grandinių galai gali būti klasifikuojami kaip kappa arba lambda, o žemesni stuburiniai gyvūnai taip pat turi iotos formą. Sunkiosios grandinės sudėtis nustato antikūnų poklasį. Šios sunkiosios grandinės gali būti skirtingo dydžio ir sudėties. Kai kurie susideda iš maždaug 450 aminorūgščių, o kiti turi apie 550.
Kiekvieno tipo antikūnų galiuką sudaro maždaug 110–130 aminorūgščių. Šie patarimai yra suskirstyti į du regionus. Hiperkintamajame (HV) regione yra didžiausia aminorūgščių variacija, o karkaso (FR) sritis yra pastovesnė ir stabilesnė. HV sritis tiesiogiai kontaktuoja su antigenu. Štai kodėl jis kartais vadinamas nemokamu nustatymo regionu (CDR).
Nors viršutinis antikūno struktūros galas jungiasi su antigenu, Fc sritis, taip pat žinoma kaip fragmento kristalizuojama sritis, lemia, kaip antikūnas elgiasi su antigenu. Tai reiškia, kad antikūnas gali reguliuoti ir stimuliuoti tinkamą imuninį atsaką. Pastovūs regionai gali būti suskirstyti į penkias izotipų klases: imunoglobulinas M (IgM), imunoglobulinas G (IgG), imunoglobulinas E (IgE), imunoglobulinas D (IgD) ir imunoglobulinas A (IgA). Kiekvieno izotipo pastovios srities sudėtis yra identiška.