Freudas ir Jungas siejo daug dešimtmečių trukę santykiai, nes Jungas, jaunesnysis partneris, sužinojo daugiau apie Freudo pasąmonės teorijas. Galbūt šiuolaikinės psichologijos laimei, Jungas vėliau atmetė kai kurias Freudo teorijas ir rėmėsi savo psichologijos metodu, kurį pavadino analitiniu. Abu vyrai naudojo pasąmonės sampratą kaip sapnų paaiškinimo būdą, tačiau Jungas labiau rėmėsi daugiasluoksne pasąmonės samprata. Įdomu pastebėti pagrindinius Freudo ir Jungo skirtumus.
Pagrindinė schizma, skirianti du psichiatrus, yra susijusi su religija. Freudas manė, kad religija yra pabėgimas ir klaida, kuri neturėtų būti propaguojama. Jo santykis su religija panašus į Karlo Markso santykius. Religija buvo masių „opiatas“. Jo tikėjimas buvo visiškai pagrįstas proto gebėjimu pasiekti nesąmoningas mintis, taip išgydant bet kokias neurozes.
Jungas, atvirkščiai, manė, kad religija yra svarbi asmens saugumo vieta, kai jis pradėjo individualizacijos procesą, tyrinėdamas ir priimdamas visas savęs dalis. Religija toliau buvo bendravimo priemonė tarp visų tipų žmonių, nes nors religijos skyrėsi, archetipai ir simboliai išliko tie patys.
Jungas nepraktikavo tradicinės krikščionių religijos, o labiau linko tyrinėti okultizmą. Kai kuriuose Freudo laiškuose jis kaltina Jungą antisemitizmu, pagrįstu ne tiek judaizmo kaip religijos pripažinimu, kiek žydų diskriminacija apskritai. Tačiau Jungo pagarba religiniams žydų gyvenimo aspektams buvo didesnė nei Freudo.
Freudas ir Jungas nesutarė, kas yra pasąmonė. Freudas į pasąmonę žiūrėjo kaip į vaizdų, minčių ir potyrių rinkinį, kurį individas atsisakė apdoroti, o tai veda prie neurozių. Jungas papildė šį apibrėžimą teigdamas, kad kiekvienas individas taip pat turi kolektyvinę nesąmonę, bendrų vaizdinių ir archetipų grupę, bendrų visiems žmonėms. Jie dažnai burbuliavo į asmeninės pasąmonės paviršių. Sapnus būtų galima geriau interpretuoti supratus simbolinius visuotinai bendrų simbolių atskaitos taškus.
Freudas manė, kad pagrindinė vyrų ir moterų veiklos varomoji jėga buvo represuotas arba išreikštas seksualumas. Neišsipildęs seksualumas sukėlė patologines sąlygas. Jungas tikėjo, kad seksas yra tik vienas iš daugelio dalykų, kurie skatina žmones. Dar svarbiau, kad žmones skatina jų poreikis pasiekti individualizaciją, vientisumą arba visišką savęs pažinimą. Daugelis emocijų skatina žmones elgtis psichologiškai nesveikai, tačiau visi šie būdai buvo troškimas jaustis pilnaverčiais.
Sąmonė Freudui buvo visų užgniaužtų seksualinių potraukių saugykla, todėl atsirado patologinių ar psichinių ligų. Tik apnuogindamas pasąmonę žmogus gali atrasti, kaip gyventi laimingai ir atsigauti nuo psichikos ligų. Jungas, atvirkščiai, manė, kad pasąmonė dažnai pati siekia vientisumo, o psichinė liga nėra patologija, o nesąmoningas emocijų reguliavimas ir sukaupta patirtis, linkusi individualizuotis.
Pasak Jungo, terapeuto tikslas buvo padėti žmogui atpažinti pasąmonės darbą ir taip padėti pacientui suprasti, kaip geriau siekti individualizacijos, kuri sukurtų „visą“ žmogų.
Nors Freudas linkęs labai meistriškai šturmuoti pasąmonę, kad atlaisvintų ją nuo slopintų jausmų, Jungo kelias labiau atitinka vėlesnius humanistų psichologus. Tai įkvepia holistinę Geštalto mokyklą, o vėliau ir terapines mokyklas.
Sąmonės idėja paprastai yra beveik visuotinai priimta, tačiau nei Freudas, nei Jungas nemanė, kad po paaiškinimo reikia tęsti terapinį darbą. Vėlesnės psichoanalitinės mokyklos, tokios kaip tos, kurios numato elgesio pokyčius, buvo sėkmingesnės gydant psichines ligas. Supratus pagrindinius jausmus, darbas yra padėti paneigti šiuos jausmus ir pakeisti juos pozityvesnėmis mintimis. Šį darbą ignoravo ir Freudas, ir Jungas. Vis dėlto esame dėkingi abiem teoretikams už indėlį į psichiatriją. Tiesą sakant, jiems priskiriama psichiatrijos srities pradžia.