Peptido molekulinė masė yra skaičius be vienetų, gautas iš peptido molekulės vidutinės masės, padalytos iš vienos dvyliktosios anglies atomo masės 12, santykio. Peptido molekulinė masė taip pat gali būti apibūdinta kaip vienas peptido molis. gramais, nes molis yra peptido kiekis, lygus jo molekulinei masei. Taigi, kadangi, pavyzdžiui, prolino aminorūgščių masė yra 97.12, vienas molis prolino yra lygus 97.12 gramų medžiagos.
Svarbu žinoti peptidų molekulinės masės skaičius tokiuose procesuose kaip peptidų sintezė, nes pagal svorį galima nustatyti molekulinių komponentų koncentraciją. Pavyzdžiui, jei vieno komponento molekulinė masė būtų 50, o kito – 100, tada antrojo junginio molekulės svertų dvigubai daugiau nei pirmojo junginio. Jei jie abu būtų sujungti vienodais gramais, mažesnio svorio junginio mišinyje būtų dvigubai daugiau molekulių, nes jie sveria tik perpus mažiau, o vietoj 50/50 koncentracijos būtų maždaug 66 /33.
Molekulinės masės analizatoriaus programinė įranga dažnai naudojama peptidų molekulinės masės skaičiams apskaičiuoti, nes kitaip skaičiavimai gali būti sudėtingi. Aminorūgščių sekose, sudarančiose peptidus, reikia atsižvelgti ne tik į daugybę cheminių elementų molekulinių masių, bet ir į kitus veiksnius, į kuriuos reikia atsižvelgti. Atsiranda tiek hidrofobinės, tiek hidrofilinės vandens savybės, taip pat pačių baltymų molinės absorbcijos koeficientai. Avogadro skaičius, nurodantis, kiek molekulių yra molyje, taip pat turi būti naudojamas nustatant peptido tūrį pagal peptido molekulinę masę.
Aminorūgštys yra peptidų statybinė medžiaga. Jie svyruoja nuo likutinės molekulinės masės, kuri yra faktinė masė atėmus vandenį, nuo 57.05 mažiausios molekulės glicinui iki 156.19 didžiausios molekulės arginino. Kai sujungiamos dvi ar daugiau aminorūgščių, naujai molekulinei masei nustatyti dažnai naudojamas peptidų molekulinės masės skaičiuotuvas.
Tikslios peptido molekulinės masės nustatymas turi svarbių pritaikymų įvairiuose tyrimuose. Pavyzdžiui, įrodymai rodo, kad mažos molekulinės masės peptidai yra svarbūs biologijos reguliatoriai. Hormonai, kuriuose yra šių peptidų, yra aktyvūs kūno vietose, tokiose kaip smegenys, nervų sistema ir virškinimo traktas.