Archėjos ir bakterijos yra vienaląsčiai mikroorganizmai, žinomi kaip prokariotai, tačiau tai yra vienas iš nedaugelio jiems bendrų dalykų. Nors žiūrint pro mikroskopą jie abu atrodo miglotai panašūs, kiekvienas iš jų yra visiškai skirtinga būtybių grupė. Tiesą sakant, archėjos savo biochemija ir genetine struktūra skiriasi nuo bakterijų taip pat, kaip ir žmonės. Archėjos ir bakterijos turi skirtingas ląstelių membranas ir ląstelių struktūras, o archėjos randamos ekstremalioje aplinkoje, kur dauguma bakterijų negalėjo išgyventi.
Bakterijų ląstelių sienelėse yra medžiagos, žinomos kaip peptidoglikanas, o archėjos ląstelių sienelėse nėra. Archėjos ir bakterijos skiriasi ir tuo, kad archėjų ląstelių membranos yra unikalios struktūros ir jose nėra tų pačių lipidų ar riebalų, kurie yra kitų organizmų ląstelių membranose. Archealinėse membranose yra medžiagos, žinomos kaip izoprenas, kuri sudaro karščiui atsparias struktūras ir kurios nėra bakterijų ląstelių membranose.
Archėjos viduje baltymus sintezuojančios molekulės, vadinamos ribosomomis, skiriasi nuo randamų bakterijose ir yra arčiau ribosomų, esančių eukariotinėse ląstelėse. Eukariotinės ląstelės randamos žmonėms, gyvūnams, augalams, grybams ir pirmuoniams. Fermentas RNR polimerazė, kuri leidžia gaminti RNR ląstelėse, bakterijose turi paprastą formą. Archėjose jis yra sudėtingesnis.
Archėjos ir bakterijos skiriasi aplinka, kurioje jie gali išgyventi. Nors bakterijos gyvena beveik visur, tik archėjos gali išgyventi atšiauriais kraštutinumais, nors jų randama ir kitur. Kai kurios archėjos, žinomos kaip termofilai, gyvena labai karštoje aplinkoje, pavyzdžiui, ugnikalnių angos. Kiti gali atlaikyti itin rūgštines ar šarmines sąlygas arba vietas be deguonies. Kai kurios labai sūrios vietos, pavyzdžiui, Negyvoji jūra, yra per daug sausinamos daugumai organizmų, tačiau jose gali gyventi tam tikros archejos, vadinamos halofilais.
Skirtingai nuo bakterijų, kurios buvo aptiktos 1600-aisiais, archėjos iškilo tik aštuntajame dešimtmetyje, kai buvo nustatyta, kad tam tikrų prokariotų genetinė sandara skiriasi nuo bakterijų. Buvo pažymėta, kad tai taip pat buvo prokariotai, gyvenantys ekstremalioje aplinkoje, ir buvo pripažinta nauja gyvybės formų grupė. Tai reiškė, kad gyvybę galima suskirstyti į tris pagrindines grupes arba sritis, žinomas kaip eukariotai, archėjos ir bakterijos. Kai kurie ekspertai mano, kad archajų gebėjimas gyventi nepalankiomis sąlygomis gali būti susijęs su tuo, kad jie yra senovinė mikrobų grupė, iš pradžių prisitaikiusi prie laiko, kai žemė buvo karštesnė ir tvyrojo metano bei amoniako atmosfera.