Western blot antikūnai yra dideli Y formos baltymai arba imunoglobulinai, gaminami naudoti Western blot imunologiniam tyrimui – bandymui aptikti susijusį baltymą audinių kultūroje. Daugelis kompanijų specializuojasi gaminti ir tiekti antikūnus laboratorijoms, kuriose naudojamas Western blot metodas. Laboratorijoje gali būti gaminami dviejų tipų Western blot antikūnai: monokloniniai ir bykloniniai. Gaminamo antikūno metodas ir tipas priklauso nuo to, kaip antikūnas natūraliai dauginasi šeimininko organizme. Atliekant Western blot testą, naudojamas procesas, vadinamas gelio elektroforeze, siekiant atskirti baltymus, kurie yra vietiniai audinio mėginyje, nuo tikslinių Western blot antikūnų, todėl nustatomas teigiamas identifikavimas.
Beveik bet kuri medžiaga gali būti naudojama norint pagaminti monokloninį antikūną, kuris prisijungs prie su juo susijusio baltymo Western blot kultūroje. Polikloniniai antikūnai gaminami beveik tuo pačiu būdu, tačiau procesas yra sudėtingesnis, nes antikūnus reikia paimti iš imuninių B ląstelių išteklių, o ne tiesiog klonuoti iš pirminės ląstelės. Auganti imunoglobulino gamybos iš įvairių medžiagų technologija laikoma neįkainojama biochemijos, molekulinės biologijos ir medicinos priemone. Western blot analizė gali aptikti baltymus, susijusius su ŽIV, Laimo liga ir Creutzfeldt-Jakob liga – beprotiškos karvės liga, todėl gydytojai gali nustatyti galutinę diagnozę anksčiau ligos progresavimo metu. Be šių programų, kriminalistika taip pat gali naudoti Western blot antikūnų technologiją, kad nustatytų kraujo ar kitų medžiagų mėginius nusikaltimo vietoje.
Nepriklausomai nuo jo taikymo, tikslinio baltymo identifikavimo audinio mėginyje procesas prasideda atkuriant antikūno kiekį iš žinomo šaltinio. Monokloninius antikūnus galima pagaminti iš esamos kultūros, tačiau polikloninių antikūnų gamybos procesas užima daug daugiau laiko. Procesas paprastai apima neaktyvių arba gyvų dalelių švirkštimą šeimininkui, pavyzdžiui, pelei ar ožkai, o tada gyvūno B limfocitai gamina imunoglobulinus, kurie yra specifiniai antigenui. Tada į mėginį pridedami plovikliai ir buferiai, kurie neleis imunoglobulinams virškinti jokiais natūraliais fermentais, o gelio elektroforezė naudojama baltymams atskirti pagal molekulinę masę arba izoelektrinį krūvį. Western blot antikūnai dabar yra paruošti „blotavimo“ procesui, ty antikūnų perkėlimui į membraną, atkreipiant dėmesį į specifinius pernešimo metu susidariusius blotavimo būdus, būdingus tik identifikuojamam baltymui.