Vidutinis suaugusio žmogaus kūnas turi apie 1013 ląstelių, maždaug 1600 kartų daugiau nei žmonių Žemėje. Manoma, kad kiekvienai žmogaus kūno ląstelei tenka apie dešimt mikroorganizmų, daugiausia bakterijų storojoje žarnoje. Tai įmanoma, nes tipinės bakterijos ląstelės tūris gali būti daugiau nei 1000 kartų mažesnis nei vienos kūno ląstelės.
Kartu su bakterijų kūno flora visus taip pat kolonizuoja grybai (daugiausia mielės), protistai ir archėjos (daugiausia metanogenai), nors apie juos žinoma mažiau dėl jų trūkumo, palyginti su bakterijomis. Makroskopinės kūno floros srityje, kai jos randamos kūno viduje, tai dažniausiai yra kenksmingi parazitai, tokie kaip kaspinuočiai. Tačiau kai kurių žmonių odoje ar plaukuose gali būti tūkstančiai makroskopinės kūno floros, dažnai erkių pavidalu. Mokslininkai mano, kad pasaulyje gali būti net milijonas erkių rūšių, prisitaikiusių prie bet kokios įsivaizduojamos aplinkos, įskaitant žmogaus kūną.
99% žarnyno bakterijų yra iš 30–40 rūšių. Dažniausiai matomos gentys yra Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus ir Bifidobacterium. Bakterijų kūno flora linkusi turėti simbiotinį ryšį su savo šeimininku. Bakterijos padeda virškinti sudėtingus angliavandenius, kurie kitu atveju būtų nevirškinami, skatina žarnyno ląstelių augimą, slopina patogeninius mikrobus, užkerta kelią alergijoms, uždegiminėms žarnyno ligoms ir atlieka itin svarbų vaidmenį imuninėje sistemoje. Kūno flora ir kūnas, kurį ji užima, kartu vystėsi dešimtis milijonų metų.
Apie 60% išmatų masės sudaro bakterijos. Kai kurios išmatose aptinkamos bakterijos gali būti patogeniškos žmogui ir aplinkiniams. Tai dalis šiuolaikinės higienos priežasčių. Su išmatomis plintančios bakterijos yra E. coli ir Vibrio cholerae – cholerą sukelianti bakterija.