Epitopas yra baltymo dalis, kurią atpažįsta imuninė sistema. Juos atpažįsta specifinės T ląstelės, B ląstelės ir B ląstelių gaminami antikūnai. Kai šios ląstelės atpažįsta specifinius epitopus ir jas aktyvuoja, jos pradeda formuoti imuninį atsaką. Dauguma epitopų yra kilę iš baltymų, kuriuos imuninė sistema klasifikuoja kaip nesavarankišką, o tai reiškia, kad baltymai yra svetimo organizmo, pavyzdžiui, viruso ar bakterijos, dalis.
T ląstelės ir B ląstelės reaguoja į skirtingų tipų epitopus. Abu ląstelių tipai gali reaguoti į epitopus iš to paties organizmo, bet nereaguoja į tą patį epitopą. Taip yra todėl, kad kiekvienas ląstelių tipas reaguoja į skirtingų dydžių ir formų epitopus. Apskritai T ląstelės reaguoja į epitopus, kurie yra daug mažesni už tuos, kuriuos atpažįsta B ląstelės ir antikūnai.
T ląstelėms aktyvuojantis epitopas yra baltymo fragmentas. T ląsteles aktyvuojantys epitopai yra tie, kuriuos apdoroja imuninės ląstelės, vadinamos antigeną pateikiančiomis ląstelėmis arba APC. Kai APC apdoroja epitopus, jis tai daro prarydamas bakterijas ar virusus ir suskaidydamas tuos organizmus į juos sudarančius baltymus ir kitas makromolekules. Tada APC ant savo paviršių rodo baltymų fragmentus, kurių dydis gali būti vos aštuonios aminorūgštys. Kai T ląstelė atpažįsta epitopą ir gauna kitus būtinus stimuliuojančius signalus, T ląstelė tampa aktyvia imuninio atsako dalimi.
Priešingai, B ląstelės ir jų gaminami antikūnai yra aktyvuojami daug didesnių epitopų. B ląstelių ir antikūnų epitopai vis dar yra įprastos trimatės konformacijos. Šis T ląstelių ir B ląstelių atpažįstamų epitopų tipų skirtumas leidžia kiekvienam ląstelių tipui atlikti skirtingas imunines funkcijas.
Antikūnai atpažįsta epitopus ant natūralių baltymų, kurie dažnai rodomi konkretaus užkrečiančio organizmo paviršiuje. Bakterija ar virusas ilgainiui padengiamas antikūnais, todėl yra pažeidžiamas fagocitų žudymo. Priešingai, T ląstelės atpažįsta trumpesnius epitopus ir yra paruoštos įvairioms funkcijoms, tokioms kaip citokinų gamyba. Jie taip pat efektyviai naikina ląsteles, užkrėstas virusais ar tarpląstelinėmis bakterijomis, ir atpažįsta užkrėstas ląsteles, nes dėl infekcijos ląstelės paviršiuje rodo svetimus epitopus.
Didelė epitopų reikšmė imuninei sistemai paskatino epitopų kartografavimo vystymąsi. Šis metodas buvo sukurtas siekiant nustatyti žmogaus patogenų elementus, kuriuos T ląstelės ir B ląstelės gali atpažinti kaip epitopus. Tada atpažįstami epitopai gali būti naudojami kaip vakcinų taikiniai ir taip pat gali tapti diagnostinių tyrimų pagrindu.