Poliakrilamido gelis yra tirpalas, dažniausiai naudojamas elektroforezei, ty skirtingo dydžio molekulių ar dalelių atskyrimo procese, leidžiant jas per gelį ir naudojant elektros srovę. Yra įvairių poliakrilamido gelio receptų, tačiau jame paprastai yra akrilamido, vandens, buferio, amonio persulfato (APS) ir tetrametiletilendiamino (TEMED). Šis gelis veikia kaip matrica, kuri atskiria junginius pagal jų krūvį ir dydį; kuo daugiau akrilamido gelio tirpale, tuo geriau atskiriamos mažesnės molekulės. Paprastai šis gelis naudojamas baltymų ir DNR atskyrimui.
Atliekant elektroforezę elektrinis laukas priverčia įkrautas daleles judėti per gelį, kuris veikia kaip sietas, todėl skirtingo dydžio dalelės atsiskiria. Gelis sugers bet kokią šilumą, pagamintą iš elektros srovės. Šioms procedūroms dažniausiai naudojamas poliakrilamido gelis, tačiau taip pat galima naudoti agarozę – kitą cheminę medžiagą, kuri sukuria panašų gelį.
Geliai gali būti gaminami įvairios koncentracijos, o akrilamido kiekis svyruoja nuo 6% iki 15%. Maišant gelį, akrilamidas yra nepolimerizuotas, tai reiškia, kad jis lieka kaip atskiros molekulės. Pridėjus kitų cheminių medžiagų, skatinančių surišimą, pvz., TEMED, molekulės susijungia ir sudaro ilgas grandines – poliakrilamido „poli“ dalį.
Pagrindinis poliakrilamido gelio privalumas yra tas, kad jungčių skaičių ir kietumą galima kontroliuoti pagal pradinį pridėto akrilamido ir TEMED kiekį. Pagrindinis akrilamido koncentracijos veiksnys yra analizuojamos molekulės dydis. Kuo mažesni junginiai yra atskiriami, tuo daugiau akrilamido reikia; labai smulkios dalelės atskiriamos naudojant didžiausią koncentraciją, 15 proc.
Akrilamidas kontroliuoja trinties kiekį gelyje; gelio kietumas lemia trinties dydį. Dideli junginiai lėčiau judės per gelį, nes dėl jų dydžio natūraliai atsiranda daugiau trinties arba pasipriešinimo. Mažesni junginiai juda greičiau, nes yra mažesnė trintis. Kad maži junginiai nenusislinktų nuo gelio, pridedama daugiau akrilamido, kad susidarytų didesnė trintis.
DNR poliakrilamido gelis naudojamas skirtingo ilgio DNR grandinėms atskirti. DNR gabalai atsiskirs tik vienu nukleotidu, junginiais, kurie sudaro kiekvieną grandinę. Norint sužinoti, kurie gabalai atitinka konkrečius dydžius, standartas, kuriame yra žinomo dydžio fragmentų, paprastai naudojamas kartu su pavyzdžiais. Tada DNR gabalai lyginami su standartu ir nustatomas grandinės dydis.
Panaši procedūra taikoma baltymų, dažniausiai kraujyje, dydžiui nustatyti. Kraujyje yra du pagrindiniai baltymų tipai: globulinas, didelio dydžio baltymas, ir serumo albuminas, labai mažas, neigiamo krūvio baltymas. Kiekvienos rūšies kiekiui nustatyti naudojamas atskyrimas naudojant poliakrilamido gelį.