Mokslinė klasifikacija yra sistema, kurią biologai naudoja klasifikuodami visą gyvybę Žemėje. Ji taip pat žinoma kaip mokslinė klasifikacija biologijoje arba Lino klasifikacija pagal Carolus Linnaeus (1707–1778), kuris pirmą kartą bandė įgyvendinti šį didžiulį projektą. Novatoriškas darbas buvo Systema Naturae, pirmą kartą išleistas 1735 m., Per visą Linėjaus gyvenimą išleistas dvylika leidimų. Pirmojoje versijoje buvo keli tūkstančiai įrašų, sugrupuotų į taksonus pagal bendras fizines savybes. Šiandien mokslas pripažįsta daugiau nei du milijonus rūšių, nors bendras augalų, gyvūnų ir vienaląsčių rūšių skaičius Žemėje yra nuo 10 iki 100 milijonų.
Biologijoje naudojama mokslinio klasifikavimo sistema yra hierarchinė, suskirstyta į aštuonis lygius. Nuo mažiausių iki didžiausių jie yra: rūšis, gentis, šeima, tvarka, klasė, prieglauda, karalystė ir sritis. Tarp šių lygių dažnai pridedama dar daugiau padalijimo, nes pats gyvenimas neturi jokios ypatingos pareigos natūraliai suskirstyti jį į aštuonis hierarchinius lygius. Norėdami pateikti kiekvieno iš jų pavyzdį, apsvarstykite žmonių padėtį mokslinėje klasifikacijoje. Žmonės yra Homo sapiens rūšis, Homo gentis, Hominidae (didžiųjų beždžionių) šeima, Primatų būrys, Mammalia (žinduoliai), Chordata (stuburiniai ir keli artimi giminaičiai), karalystė Animalia (gyvūnai), Eukarya domenas (eukariotai, organizmai su sudėtingos ląstelės).
Aukščiausi mokslinės klasifikacijos lygiai bėgant metams keitėsi keletą kartų. 1735 m. Linėjus įvedė dvi karalystes: Vegetabilia (augalai ir grybai) ir Animalia. 1866 m. vokiečių biologas Ernstas Haeckelis pristatė dar vieną karalystę Protista, skirtą visiems vienaląsčiams organizmams. 1937 m. prancūzų biologas Edouardas Chattonas, remdamasis išsamesniais augalų, gyvūnų ir bakterijų ląstelių stebėjimais, gyvenimą suskirstė į dvi „imperijas“ – Prokariotą ir Eukariotą. Paaiškėjo, kad augalai ir gyvūnai turi esminių panašumų savo ląstelių sudėtingumu ir ląstelių branduolių buvimu, o bakterijoms trūksta ir branduolių, ir organelių (tarpląstelinių struktūrų).
50-aisiais, 60-aisiais ir 70-aisiais buvo atlikti dar keli svarbūs atnaujinimai, tai buvo greitos biologijos pažangos metas. Herbertas Copelandas atnaujino sistemą į keturias karalystes 1956 m., kai pervadino Prokariotą į Monera ir padalijo Eukariotą į tris karalystes: Protista, Plantae ir Animalia. Kitas pokytis įvyko 1969 m., kai Robertas Whittakeris suskirstė Protista į Fungi ir Protista, pirmą kartą suteikdamas grybams savo aukščiausio lygio klasifikaciją.
1977 m. Carl Woese ir jo bendradarbiai pristatė iki šiol gausiausią aukščiausio lygio sistemą su šešiomis karalystėmis: Eubacteria, Archaebacteria, Protista, Fungi, Plantae ir Animalia. Tada, 1990 m., sistemą Woese gailestingai supaprastino, sumažino iki trijų sričių: bakterijų, archejų ir eukarijų. Pastaroji yra šiuo metu naudojama aukščiausio lygio klasifikavimo sistema.