Yra keletas vėjo energijos trūkumų, į kuriuos reikėtų atsižvelgti nagrinėjant energijos gamybos galimybes. Svarbu pripažinti, kad nors vėjo energijos naudojimas turi tam tikrų problemų, tai vis tiek yra labai tvarus ir labai aplinką tausojantis energijos gamybos būdas. Jei pasirenkama tarp vėjo energijos ir iškastiniu kuru varomos elektrinės, vėjo energija tikrai yra tinkamas būdas.
Vienas iš vėjo energijos trūkumų yra tai, kad tai nėra nulinės emisijos energijos gamybos forma. Vėjo turbinų statybai ir energijos paskirstymo sistemai sunaudojama daug išteklių, o vėjo energijos gamyba nesukelia emisijų, tačiau išmetami teršalai yra susiję su vėjo jėgainių parko priežiūra ir kitomis įprastomis vėjo jėgainių parkus supančiomis užduotimis. Tačiau vėjo energijos išmetamų teršalų kiekis tikrai yra minimalus, palyginti su įprastais anglimi kūrenamų elektrinių išmetimais.
Vėjo jėgainės taip pat gali suvalgyti žemę, kurią būtų galima panaudoti kitais būdais, o tai yra vienas iš pagrindinių vėjo energijos trūkumų. Kai kurios įmonės pradėjo tai spręsti statydamos turbinas, kurios gali būti naudojamos ūkiuose ir gyvenvietėse. Tačiau senesnėms turbinoms reikia tam skirtos vietos, todėl gali prireikti daug vietos, kad būtų galima pastatyti pakankamai turbinų, kad būtų sukurtas naudingas energijos kiekis. Vėjo turbinos taip pat yra itin triukšmingos, dėl to dažnai sulaukiama bendruomenės skundų, be to, jos gali kelti grėsmę migruojantiems paukščiams, kurie įpratę turėti laisvą valią ore.
Vėjo energijos gamybą riboja ir vieta. Vietovės, kuriose nuolat pučia stiprūs vėjai, geriausiai tinka vėjo jėgainėms, o žemė šiose vietose gali būti brangi arba sunkiai apsaugota. Vėjo jėgainės taip pat turi būti pakankamai netoli tos vietos, kurioje naudojama energija, kad būtų kuo mažesni nuostoliai energijos perdavimo procese. Vėjo jėgainės taip pat ne visada gali būti produktyvios: vyraujantys vėjai gali keistis, pavyzdžiui, turbinas padaryti nenaudingas, o tai yra vienas iš vėjo energijos trūkumų, palyginti su kažkuo, pavyzdžiui, hidroenergija, kuri priklauso nuo fiksuotų išteklių.
Kai kas mano, kad vėjo jėgainių trūksta ir estetikos skyriuje. Į vėjo jėgaines nėra labai įdomu žiūrėti, ypač didelėje grupėje, o vietos bendruomenės dažnai priešinasi vėjo jėgainių statybai dėl estetinių priežasčių. Energetikos įmonės dažnai turi atlikti sudėtingą leidimo statyti procesą, o tai gali sugadinti statybos planus.
Atsižvelgiant į visus vėjo energijos trūkumus, yra keletas ryškių pranašumų. Vėjo energija yra nemokama, o naudojant vėjo energiją nedaromas toks pat poveikis aplinkai kaip naudojant hidroenergiją, kuri apima užtvenkimą ar kitus natūralios aplinkos pokyčius. Pačios turbinos, kai jos veikia, išskiria nulinį išmetamųjų teršalų kiekį, o su statyba ir priežiūra susijusią emisiją galima labai sumažinti statant ir eksploatuojant aplinką tausojančiu būdu.