Heterodoksinė ekonomika apima metodus ir teorijas, nepriklausančias prie pagrindinės ekonomikos. Tai skėtinis terminas, siejantis įvairias ekonominės minties mokyklas, kurių daugelis mažai sutaria tarpusavyje. Tačiau viena dažna kritika yra ta, kad neoklasikinė sintezė – ankstesnių ekonomikos teorijų derinys – iš prigimties yra netiksli. Kita heterodoksiška kritika yra kitų ekonomistų naudojama metodika. Daugelis heterodoksų ekonomistų atmeta racionalaus pasirinkimo teoriją, prielaidą, kad individualūs pasirinkimai atspindės racionalius sprendimus.
Terminas heterodoksas jungia hetero “skirtingą” ir -doksą nuo ortodoksų. Pažodžiui heterodoksinė ekonomika reiškia „skirtinga nuo ortodoksinės ekonomikos“. Heterodoksiniai ekonomistai nesutinka su vienu ar daugiau pagrindinių pagrindinės ekonominės minties nuomininkų.
Pagrindinė ekonomika, dauguma ekonomistų pripažinta ekonomika, yra ankstesnių ekonomikos teorijų derinys. Neoklasikinė ekonomika orientuojasi į laisvąsias rinkas, kurios efektyvumą pasieks per pasiūlą ir paklausą. Keinso ekonomika, pavadinta britų ekonomisto Johno Maynardo Keyneso vardu, teigia, kad ekonominiam efektyvumui užtikrinti būtinas didelis vyriausybės įsikišimas. Šiuolaikinė pagrindinė ekonomika iš esmės yra šių dviejų teorijų elementų derinys.
Neoklasikinės ir keinso ekonomikos mišinys buvo pavadintas neoklasikine sinteze. Konkrečiai, neoklasikinės teorijos dažniausiai taikomos mikroekonomikai, nagrinėjant individualius sprendimus ekonomikoje. Kita vertus, keinso ekonomika dažniausiai taikoma makroekonomikai, visos ekonomikos studijoms. Daugelis heterodoksinės ekonomikos mokyklos teoretikų atmeta dalį arba visą neoklasikinę sintezę. Jie teigia, kad tai riboja išsamesnį ekonominės veiklos supratimą.
Daugelis heterodoksų ekonomistų kritikuoja pagrindinės ekonomikos metodologiją. Problema gali būti dėl pačios ekonomikos apibrėžimo ir taikymo srities. Ekonomikai iš esmės sunku nubrėžti ribą, nes ji yra labai susijusi su kitais psichologiniais ir socialiniais reiškiniais. Kitas dažnas heterodoksinės ekonomikos dalykas yra riba tarp eksperimentinio ir teorinio požiūrio. Kitaip tariant, ekonomistai nesutaria, kokias prielaidas apie individualų elgesį galima daryti, prieš tai nesurinkus patvirtinančių įrodymų.
Tiesą sakant, pagrindinė ekonomika paprastai daro prielaidą, kad žmonės elgsis kaip racionalūs agentai. Tai reiškia, kad jie bus linkę elgtis taip, kad maksimaliai padidintų jų materialinę būklę ir gerovę. Tačiau kyla klausimas, kaip apibrėžti tokį terminą kaip „gerovė“ ir ar žmonės iš tikrųjų visą laiką elgiasi iš pažiūros racionaliai. Kai kurios heterodoksinės ekonomikos mokyklos ginčija prielaidą, kad žmonės paprastai priima racionalius sprendimus. Atvirkščiai, žmonių pasirinkimus dažnai keičia ribota informacija, todėl jie verčia elgtis iš pažiūros neracionaliai.