Nors viešasis transportas turi savo privalumų, jis turi ir nemažai problemų. Pavyzdžiui, daugelis viešojo transporto priemonių yra perpildytos, o tai gali palengvinti ligų plitimą. Naudotis viešuoju transportu kai kuriems taip pat gali būti nepatogu arba nepatogu. Be to, kai kuriose srityse vyriausybės gali pastebėti, kad viešojo transporto eksploatavimo ir priežiūros išlaidos viršija iš jo gaunamas pajamas.
Daugelis žmonių mano, kad viena didžiausių viešojo transporto problemų yra privatumo trūkumas. Kai kurie mano, kad autobusai ir metro tiesiog per daug perpildyti. Kita vertus, asmeninėje transporto priemonėje tai paprastai nėra problema. Asmuo gali važiuoti ar važiuoti iki savo tikslo nesusidurdamas ar apskritai nesujaudintas kitų žmonių.
Mikrobai yra dar viena rimtesnių viešojo transporto problemų. Kadangi žmonės dažnai būna labai arti vienas kito, jiems gresia didesnė rizika susirgti viešuoju transportu, o ne asmenine transporto priemone. Pavyzdžiui, peršalimo ir gripo virusai gali būti perduodami nuo vieno žmogaus kitam per tiesioginį sąlytį su užterštu paviršiumi arba iš oro, pavyzdžiui, kai žmogus čiaudėja. Prieš ir po važiavimo viešuoju transportu rekomenduojama plauti rankas arba naudoti rankų dezinfekavimo priemones.
Kai kuriems žmonėms taip pat nepatogu būti tokioje uždaroje erdvėje su keliais kitais žmonėmis. Šis sumažėjęs komfortas dažnai laikomas dar viena viešojo transporto problema. Be to, jei autobuse ar metro per vėsu arba šilta, asmeninėje transporto priemonėje galima įjungti šildytuvus arba oro kondicionierius. Naudojimasis asmenine transporto priemone taip pat apima prabangą klausytis muzikos ar žinių per radiją keliaujant į darbą ir atgal.
Be kitų viešojo transporto problemų, daugelis žmonių nesinaudoja viešuoju transportu, nes tai jiems nepatogu. Daugelis viešojo transporto priemonių važiuoja pagal griežtus grafikus, o šie sustojimo laikai ne visada sutaps su žmogaus grafiku. Be to, jei autobusas ar traukinys vėluoja, vėluos ir visi keleiviai. Pervežimui naudodamas asmeninę transporto priemonę vairuotojas pats valdo, kur ir kada kur nors važiuoja.
Viena didžiausių viešojo transporto problemų kai kurioms savivaldybėms yra šių sistemų eksploatavimo ir priežiūros išlaidos. Kai kurios iš šių išlaidų apima degalus, vairuotojų atlyginimus ir transporto priemonės priežiūrą. Mažai gyventojų turinčiose vietovėse iš keleivių gaunamų pajamų ne visada gali pakakti šioms išlaidoms padengti. Tuomet skirtumui padengti dažnai prireiks vyriausybės pinigų.