Nevyriausybinė organizacija (NVO) gali būti struktūrizuota pagal įvairias schemas arba planus, kurie nulemia jos veiklą. Šios schemos nusprendžia, kam organizacija tarnaus, kokios bus jos pagrindinės paslaugos, kur ji veiks ir kaip teiks savo programas. Jei NVO būtų pelno siekiantis subjektas, tokio tipo sprendimų priėmimo rezultatas būtų verslo planas. Būdama ne pelno siekianti NVO šiais sprendimais remiasi savo strateginiu planu ir savo, kaip labdaros organizacijos, egzistavimo pagrindimu.
Vienas iš pagrindinių NVO schemų skirtumų lemia, kam organizacija tarnaus. Ne pelno organizacija gali pasirinkti veikti kaip narystės organizacija ir aptarnauti tik tuos žmones, kurie prisijungia. Šio tipo organizacijos kuria programas, siekdamos propaguoti geriausius savo narystės interesus, ir veikia narystės balsavimu. Arba NVO gali pasirinkti tarnauti plačiajai visuomenei. Šiuo atveju organizacija veikia kaip viešasis pasitikėjimo fondas, kurį prižiūri direktorių valdyba, kuri turi patikėtinio pareigą priimti sprendimus, kurie prisideda prie ne pelno organizacijos misijos.
Kitas NVO schemų skirtumas yra susijęs su pagrindinėmis jų paslaugomis. Tuo metu, kai organizuojama ne pelno organizacija, ji nurodo misiją, kuri apibrėžs veiklos rūšis, kurias organizacija paprastai turės teisę užsiimti ateityje. Pagal šią misiją NVO skirstomos į kategorijas. Įvairių tipų pagrindinių paslaugų schemos apima žmonių paslaugas, aplinkosaugos klausimus ir ekonomikos vystymąsi.
NVO taip pat planuoja, kaip ji veiks, sukurdama schemą, skirtą jos paslaugų sričiai. Įvairūs šios kategorijos NVO schemų tipai apima vietinę ar bendruomeninę, nacionalinę arba tarptautinę taikymo sritį. Vietinėms ir nacionalinėms schemoms taip pat turi įtakos pasirinkimas, kur įtraukti subjektą, kuris kontroliuos, kaip organizacija vykdo likusį verslą. Tarptautinis pasirinkimas yra sprendimas įsisteigti veiklos šalyje arba įregistruoti vienoje šalyje, bet tik teikti paslaugas kitoje. Kartais tarptautinės nevyriausybinės organizacijos tai daro, siekdamos užtikrinti tinkamą namų bazę lėšų rinkimui, vykdydamos misiją užsienio šalyje.
Paskutinis pagrindinių NVO schemų komponentas apima sprendimą dėl programos filosofijos. Ne pelno organizacijos turi nuspręsti dėl pokyčių teorijos arba dėl to, kaip jų specialus paslaugų derinys turės įtakos. Yra daug skirtingų teorijų, kurios gali paskatinti NVO misiją. Viena iš populiariausių yra transformacinė plėtra, kai ne pelno organizacijos suteikia bendruomenės lyderiams žinių ir išteklių, kad galėtų patys valdyti pokyčius. Kitas yra ekonominės bendruomenės plėtra, kai programos ištekliai nukreipiami į pagrindinius ekonominius rodiklius, skatinančius socialinį tobulėjimą.