Zuni indėnai turi ilgą istoriją kaip Pueblo indėnų palikuonys JAV pietvakariuose. Žmonės gyveno Zuni srityje nuo 2500 m. pr. Kr. Zuni istorija prasideda nuo anasazių indėnų, kurie gyveno Zuni srityje 1,000 metų prieš pirmiesiems europiečiams ten pasiekus. Anasazi indėnai gyveno prie upės dabartinėje Naujosios Meksikos vakarinėje dalyje ir sukūrė drėkinamo žemės ūkio sistemą bei gamino keramiką ir krepšius, kuriuos zuni patobulino. Maždaug 900 metais Zuni žemės ūkio patobulinimai paskatino gyventojų prieaugį, o gyvenvietės išsiplėtė.
Nuo XX a. amžiaus Zuni gentis statė išskirtinius, aikštę primenančius pueblo būstus, kurie gyvavo šimtmečius. Gyventojų skaičius toliau didėjo. Kažkada tarp 1100 ir 1300 m. Zuni įkūrė septynis miestus visame regione. Šie miestai vis dar turi tvirtų ryšių su Zuni istorija, nes architektūra išliko beveik nepakitusi.
1539 m. ispanas Fray Marcos de Niza atvyko į Zuni slėnį ieškodamas aukso ir turtų. Fray Marcos pasiuntė savo vergą Estebaną į priekį pasikalbėti su gentimis. Estebanas norėjo turkio ir zuni moterų iš genčių; jo reikalavimai supykdė zunius, ir jie jį nužudė. Fray Marcosas grįžo į Meksiką ir papasakojo apie „Septynius aukso miestus“, kuriuos zuni saugojo. Nors šios istorijos turėjo mažai tiesos pagrindo, ispanai buvo suintriguoti.
Kitais metais kitas tyrinėtojas, vardu Francisco Vasquez de Coronado, su patrankomis ir ant žirgų kabančiais kalavijuočiais pradėjo puolimą prieš Zuni kaimus. Jis greitai įveikė zunių gynėjus ir užvaldė kaimus. Neradęs aukso, Coronado tik trumpam užėmė šią sritį, o vėliau išvyko į kitas sritis.
Per ateinančius šimtą metų ispanų tyrinėtojai, ieškodami turto, praėjo per Zuni slėnį. Apylinkėse buvo įkurta katalikų misija. Daugelis šio regiono genčių nukentėjo nuo Ispanijos viešpatavimo, o 1690 m. Pueblo indėnai pradėjo suderintą maištą, vadinamą Pueblo sukilimu. Zuniai sudegino katalikų misiją ir nužudė vieną brolį. Tada gentis pasitraukė į mesą, vadinamą Dowa Yalanne, kuri zuni kalba reiškia „Kukurūzų kalnas“.
Po 12 metų Dowa Yalanne Zuni pasirašė sutartį su ispanais ir išvyko į mesą. Taip prasidėjo taikus Zuni istorijos laikotarpis, paženklintas mažai kontaktų su pašaliniais žmonėmis. Zuni apleido savo senus kaimus ir į šiaurę nuo Zuni upės pastatė naują pueblo, vadinamą Zuni. Rajono katalikų misijos sunyko.
Tuo tarpu JAV vyriausybė konsolidavo savo teritoriją pietvakariuose. 1850 m. Zuni vyresnieji nuvyko į Sante Fė pasirašyti sutarties, saugančios genčių žemes. Jie pastatė daugiau kaimų ir pasirašė taikos sutartis su kaimyninėmis gentimis. 1800-aisiais Zuni pradėjo kalvystę ir papuošalų kūrimą; iki 1870-ųjų gentis išmoko įstatyti turkio spalvos akmenis į sidabrines apyrankes, karolius ir žiedus.
Apie XX amžiaus sandūrą Zuni slėnyje buvo įkurtos kelios mokyklos. Katalikų misija vėl atidaryta 20 m. Zuni bendradarbiavo su amerikiečiais statydami užtvankas ir drėkinimo sistemas rajone ir toliau gamino papuošalus: 1921 m. papuošalų pardavimas sudarė 1945 % zuni genties grynųjų pinigų.
Nuo devintojo dešimtmečio iki 1980-ųjų pradžios zuni buvo įsitraukę į daugybę teismo kovų, siekdami atitaisyti JAV okupuotą genčių žemę ir siūlymą atidaryti anglies kasyklą netoli šventojo Zuni druskos ežero. Zuni laimėjo ežero kontrolę ir 2000 milijonus JAV dolerių (USD) už reparacijas. Kova už Zuni istorijos išsaugojimą tęsiasi, nes gentis išlaiko savo suverenitetą ir atveria savo žmonėms naujas ekonomines galimybes.