1620 m., kai piligrimai atvyko į Naująją Angliją, Pequot gentis buvo įsikūrusi šalia Temzės upės Konektikute. Pequot’ams vadovavo sachemas arba vyriausiasis vadas, vardu Sassacus. Gentyje kilo maištas, kuriam vadovavo viršininkas Uncas, dėl to, kaip reaguoti į Europos atsiskaitymą. Uncas išsiskyrė su Piquet ir nuvedė savo pasekėjus į kitą kaimą, kur įkūrė indėnų moheganų gentį. Uncas sudarė aljansą su baltais naujakuriais ir po Pequot pralaimėjimo 1637 m. Pequot kare jis tapo tiek Mohegan, tiek likusio Pequot vadovu.
Kaip ir kiti šiauriniai vietiniai gyventojai, moheganų gentis gyveno prie vandens vigvamuose ir ilguose namuose, pastatytuose iš stulpų, padengtų žieve. Jie medžiojo, žvejojo, ūkininkavo ir keliavo beržo žievės iškastinėmis kanojomis. Jie liko anglų sąjungininkais prieš prancūzus ir sugebėjo išlaikyti savo žemę ir autonomiją ilgiau nei daugelis jų kaimynų, tačiau galiausiai didelę jų žemės dalį užėmė baltieji naujakuriai.
XVIII amžiuje daugelis Mohegan narių atsivertė į krikščionybę. Samsonas Occum buvo vienas pirmųjų indų, tapusių įšventintu krikščionių tarnu. Jis įkūrė krikščionišką indėnų mokyklą ir kurį laiką praleido Anglijoje, rinkdamas pinigus iš karaliaus ir kitų globėjų organizacijai paremti. Jis grįžo į kolonijas tik sužinojęs, kad jo mokykla buvo perimta ir perkelta į Naująjį Hampšyrą, kur galiausiai tapo Dartmuto koledžu.
1827 m. federalinė vyriausybė pareikalavo perkelti visas necivilizuotas ir nekrikščioniškas gentis į vakarų teritorijas. Vienas Samson Occum palikimas savo žmonėms buvo krikščionių genties reputacija. Kad tai sustiprintų, trys gentinės moterys įkūrė Mohegan bažnyčią, o Mohegan gentis buvo atleista nuo priverstinio perkėlimo.
Mohegan gentis gavo federalinį pripažinimą kaip nepriklausoma tauta 1994 m. ir galiausiai išsprendė savo žemės pretenzijas su Konektikutu. Tauta turi konstituciją ir ją valdo demokratiškai išrinkta devynių narių genčių taryba ir septynių narių Seniūnų taryba. Genčių taryba prižiūri teisminius ir kultūrinius reikalus ir turi įstatymų leidžiamąją valdžią dėl genčių narystės ir registravimo. Seniūnų taryba konstitucijoje nurodytose srityse turi ir vykdomąją, ir įstatymų leidžiamąją valdžią. Gentis turi du teismus: Mohegan Gaming Disputes Court, kuris nagrinėja bylas dėl azartinių lošimų, ir Mohegan Tribal Court, kuris nagrinėja visus su lošimu nesusijusius klausimus.
Ilgas bendruomenės tarnybos ir dalyvavimo paveldas vis dar labai aktyvus Mohegan gentyje. Jie turi didelį žaidimų kurortą, SPA, maitinimo ir mažmeninės prekybos zoną, vadinamą Mohegan Sun, kuri suteikia darbo daugeliui genčių narių. Uždirbtas pajamas gentis naudoja savo būsto ir kitiems poreikiams patenkinti. Kiekvienais metais gentis grąžina tris ketvirtadalius savo federalinio piniginio paskirstymo, kad būtų perskirstyta kitoms Indijos tautoms, kurioms labiau reikia.
Be to, Mohegan Tribe ir Pequot Tribe, kurioms priklauso du Indijos kazino valstijoje, savanoriškai sutiko skirti 25% savo lošimo automatų pajamų Konektikuto valstijai vietoj 8% įmonių lošimų mokesčio. Dėl to gentys iš tikrųjų moka dvigubai daugiau, nei būtų jų pelno mokestis, ir yra didžiausias valstijos pajamų šaltinis šalia federalinės vyriausybės. Mohegan gentis mano, kad ji turi pareigą rūpintis savo, ir daug aukų bei dotacijų mokykloms, ligoninėms ir kitoms bendruomeninėms paslaugoms.