Nors Alabama valstija tapo 1819 m., jos valstybės vėliavos istorija prasidėjo tik 1861 m., kai buvo priimtas sprendimas atsiskirti nuo Sąjungos. 1861 m. sausio mėn. Secesijos konvencijoje delegatai priėmė pirmąją Alabamos valstijos vėliavą. Ta vėliava buvo naudojama tik kelias savaites; 1861 m. kovo mėn. Alabama pradėjo naudoti pirmąją iš dviejų Konfederacijos vėliavų kaip savo. 1865 m., pasibaigus pilietiniam karui, JAV vėliava tapo oficialia Alabamos vėliava. Galiausiai, 1891 m., Alabama sukūrė ir galiausiai priėmė unikalią vėliavą, kuri nuo tada plevėsavo virš valstijos.
1861 m. Alabamos valstijos vėliavą Montgomeryje sukūrė nedidelė moterų grupė. Vienoje vėliavos pusėje buvo pavaizduota Laisvės deivės figūra, vienoje rankoje laikanti kardą, o kitoje – mažesnę vėliavėlę su viena žvaigžde; virš paveikslo pasirodė žodžiai „Nepriklausoma dabar ir amžinai“. Kitoje pusėje buvo suvyniota barškuolė ir medvilnės augalas su užrašu „Touch Me Not“ po šiuo vaizdu. Ši vėliava kartais vadinama Secesijos konvencijos vėliava arba Alabamos Respublikos vėliava. Praėjus maždaug mėnesiui po to, kai ji buvo priimta kaip Alabamos valstijos vėliava, smarki audra ją apgadino, todėl vėliava buvo pašalinta ir daugiau niekada nebuvo iškelta.
Netrukus po to, kai buvo pašalinta pirmoji Alabamos valstijos vėliava, valstybė nusprendė naudoti konfederacijos nacionalinę vėliavą. Oficialiomis progomis buvo plevėsuojama pirmoji tautinė arba antroji konfederacijos tautinė vėliava. Pasibaigus pilietiniam karui 1865 m., šios vėliavos buvo pašalintos, o Alabama vėl pradėjo naudoti Jungtinių Valstijų vėliavą.
Alabama naudojo Jungtinių Valstijų vėliavą iki 1891 m., kai buvo užsakytas naujas valstijos vėliavos dizainas. Galiausiai, 1895 m., įstatymų leidėjas patvirtino naują vėliavą, kuri ir šiandien išlieka Alabamos valstijos vėliava. Patvirtintas dizainas buvo pavaizduotas ant Konfederacijos mūšio vėliavos ir tapo antrąja oficialia Alabamos valstijos vėliava.
Iš visų 50 valstijų vėliavų Alabamos vėliava yra viena paprasčiausių dizaino. Įstatyme nustatyta, kad Alabamos vėliava yra raudonas Šv. Andriejaus kryžius, padėtas baltame lauke. Vėliavoje naudojamos spalvos simbolizuoja drąsą ir tyrumą, o kryžius – dalį Konfederacijos mūšio vėliavos dizaino. Kadangi teisės aktai nediktuoja, ar vėliava turi būti stačiakampio ar kvadrato formos, tai vertinama abipusiai.