Reprodukcinės sistemos anatomija apima tuos organus, audinius ir kraujagysles, kurie dalyvauja dauginimosi procese arba vieno ar kelių palikuonių gimdoje iš patino ir patelės. Skirtingai nuo kitų žmogaus kūno sistemų, vyrų ir moterų reprodukcinės sistemos anatomija labai skiriasi. Moterims pagrindiniai organai yra makštis, gimda ir kiaušidės, o vyrų pagrindiniai reprodukcijos organai yra varpa, kapšelis ir sėklidės. Moterų reprodukcinėje sistemoje šiuos organus sieja kiaušintakiai ir gimdos kaklelis, o vyrų kraujagyslės apima prielipą ir kraujagysles. Reprodukcinės sistemos anatomijos aptarimas taip pat turi apimti mažiausius jos vienetus – vyrų spermatozoidą ir moterų kiaušialąstę arba kiaušinėlį.
Tiek vyrų, tiek moterų reprodukcinės sistemos anatomiją galima suskirstyti į išorinius ir vidinius organus. Moters išorinis organas dažnai vadinamas makštimi. Tačiau šis organas techniškai yra vidinis kanalas, kuriuo vyriškos lyties spermatozoidai patenka į gimdą.
Išoriniams moters lytiniams organams priskiriamos apsauginės didžiosios lytinės lūpos, stambios raukšlės, apgaubiančios likusius išorinius organus: mažąsias lytines lūpas, klitorį ir Bartolino liaukas. Mažosios lytinės lūpos yra mažesnės raukšlės, apsaugančios makšties angą, taip pat angą į šlaplę arba šlapimo takus. Klitoris yra mažas, nervais užpildytas organas, esantis prieš makšties angą, homologiškas vyro varpai. Moterys taip pat turi Bartholin liaukų, kurios išskiria sekretą, kuris suteikia pradinį sutepimą varpai patekus į makštį.
Išoriniai vyrų reprodukcinės sistemos organai yra varpa, sėklidės ir kapšelis. Varpa yra organas, leidžiantis spermatozoidui pasiekti patelės kiaušialąstę lytinio akto metu arba prasiskverbti į makštį. Tankus kraujagysles, susijaudinimo metu jis tampa stačias dėl to, kad kraujas patenka į tą sritį, todėl jis gali prasiskverbti į moters makštį. Už varpos yra kapšelis, išorinis maišelis, kuriame yra ir apsaugo porines sėklides. Šios sėklidės arba sėklidės yra organai, gaminantys spermą, vyrų reprodukcines ląsteles.
Reprodukcinės sistemos anatomija turi apimti ir vidinius dauginimosi organus. Moterims tai yra makštis, gimda ir kiaušidės. Makštis yra išsiplečiantis, vos kelių colių gylio kanalas, kuris veda į gimdą ir per kurį gimdymo metu praeina kūdikis. Užpakalinėje makšties dalyje yra gimdos kaklelis – anga, per kurią spermatozoidai patenka į gimdą. Gimda yra vieta, kurioje vaisius auga nėštumo metu, ir ji taip pat gali labai išsiplėsti.
Abiejose viršutinės gimdos pusėse kiaušintakiai veda į kiaušides – moteriškus lytinius organus. Šie organai gamina kiaušialąstes arba kiaušinėlius, kurie išleidžiami kiekvieną mėnesį, kad būtų apvaisinti vyriškos lyties sperma. Jei taip neatsitiks, jie pašalinami iš organizmo kartu su gimdos gleivine, kur apvaisintas kiaušinėlis įsiskverbia į pastojimą menstruacijų forma.
Vyrų reprodukcinės sistemos vidinė anatomija apima šlaplę, kraujagysles ir epididimį. Pradedant nuo angos varpos gale, šlaplė yra vidinė indas, išnešantis iš kūno spermą, spermos turintį skystį ir šlapimą. Jis veda į kraujagysles – vamzdelį, kuriuo sperma patenka į šlaplę.
Sėklidės yra sėklidžių saugojimo vienetas. Jis yra už kiekvienos sėklidės ir yra vamzdelis, kuriame yra sėklidžių gaminamos spermos ląstelės, kol jos subręsta, kad galėtų apvaisinti patelės kiaušinėlį. Susijaudinimo metu šios ląstelės iš epididimio patenka į kraujagysles, kur susimaišo su sėkliniu skysčiu ir susidaro sperma, kuri ejakuliacijos metu pateks į moters makštį.